علی مطهری نماینده تهران، عدم استفاده از اختیارات قانونی مجلس در طرح سوال از رییس‌جمهور را علت استعفایش خوانده و در متن آن خطاب به علی لاریجانی، رییس مجلس نوشته است: با توجه به اینکه هیات رییسه محترم بر خلاف قانون آیین‌نامه داخلی مجلس همچنان درصدد منتفی کردن طرح سوال است به این وسیله استعفای خود را اعلام می‌کنم. بر اساس آنچه خبرگزاری فارس منتشر کرده، وی همچنین مخالفان سوال از رییس‌جمهور را دوستان نادان رییس‌جمهور و دولت یا دشمنان دانای او خواند و اضافه کرده است: پس از تحویل نامه سوال از رییس جمهور به هیات رییسه و اعلام وصول آن از سوی محمدرضا باهنر، در جلسه هیات رییسه، یکی از اعضا مامور شد که امضاها را پس بگیرد و عضو دیگر نیز مامور شد که طی مصاحبه‌ای مخالفت هیات رییسه مجلس با سوال را در رسانه‌ها اعلام کند. یعنی هیات رییسه، درصدد انهدام طرح سوال برآمد.

وی ادامه داد: پس از متوقف شدن این عملیات، مطرح کردند که مثلا آقای احمدی‌نژاد اکنون زخم خورده است و ممکن است در صحن علنی پروژه‌ای مانند مناظرات انتخاباتی را پیاده کند و شاید رهبر انقلاب نیز به خاطر همین ملاحظات مخالف باشند.

وی افزود: برای دفع بهانه این گونه افراد، اینجانب نامه‌ای را حدود یک ماه پیش برای معظم‌له ارسال داشتم و از ایشان تقاضا کردم که دست مجلس را در موضوع سوال از رییس جمهور باز بگذارند. تا کنون پاسخی نیامده و سکوت ایشان را دلیل رضایت و لااقل بی نظری می‌دانم. مطهری تصریح کرد: اصولا اگر رهبر انقلاب در چنین موضوعاتی نظر مخالف داشته باشند در نطق عمومی خود اعلام می‌کنند و همه از طریق صداوسیما و سایر رسانه‌ها با خبر می‌شویم.