این فناوری در حوزه بنادر نیز قابل استفاده است و می‌تواند به بهبود سرعت و کارآیی فعالیت‌‌‌های بنادر در ایران کمک کند. استفاده از بلاک‌چین در بنادر ایران می‌تواند به طرح‌‌‌ریزی بهتر مسیر حمل‌ونقل بارها، ارتقای امنیت و شفافیت در فرآیندهای گمرکی و همچنین بهبود ارتباطات بین بنادر، حمل‌‌‌ونقل‌‌‌کنندگان و سایر نهادها کمک کند. با استفاده از بستر بلاک‌چین، اطلاعات مربوط به وضعیت بار، وضعیت پرداخت، مشخصات فنی و سایر اطلاعات مرتبط با فعالیت‌‌‌های بنادر می‌تواند به روشی سریع و دقیق در اختیار کاربران قرار گیرد و از آنجا که این فناوری قابلیت تغییر و تحریف اطلاعات را ندارد، اطمینان بیشتری به مشتریان و سایر نهادهای حاضر در زنجیره حمل‌‌‌ونقل بار به ارمغان می‌‌‌آورد.

همچنین در حوزه بنادر نیز از این فناوری می‌توان استفاده کرد تا فرآیند انتقال کالا و خدمات را بهبود بخشید و سرعت آن را افزایش داد. برای مثال، با استفاده از بستر بلاک‌چین، می‌توان اطلاعات مربوط به ورود و خروج کالاها به بنادر را به صورت شفاف و قابل اعتمادی ثبت و ذخیره کرد. همچنین از این فناوری می‌توان برای ارتقای امنیت بارنامه‌‌‌ها، کاهش تقلب در تراکنش‌‌‌های بین‌المللی، افزایش شفافیت و کاهش هزینه‌‌‌های اداری و مدیریتی استفاده کرد.

به طور خاص، بستر بلاک‌‌‌چین می‌تواند در بهبود خدمات گمرکی و پرداخت الکترونیکی هزینه‌‌‌های حمل‌ونقل کمک کند. در سیستم گمرکی، بلاک‌‌‌چین می‌تواند به عنوان یک دفترچه رسمی برای ثبت و نگهداری اطلاعات گمرکی به کار رود و در پرداخت هزینه‌‌‌های حمل‌ونقل، بستر بلاک‌‌‌چین می‌تواند یک واسط برای پرداخت ایمن و شفاف بین فرستنده و گیرنده کالا باشد. بنابراین  بهره‌‌‌گیری از بستر بلاک‌چین می‌تواند بهبودی در سرعت و کیفیت فعالیت‌‌‌های بنادر در ایران ایجاد کند و به کاهش هزینه‌‌‌های مربوط به این فعالیت‌‌‌ها کمک کند. با این حال، برای اجرای این پروژه‌‌‌ها نیاز به سرمایه‌گذاری و همکاری بین بخش خصوصی و دولتی است.