گمرک با هدف دسترسی آسان صادرکنندگان و واردکنندگان به گمرک و مبادلات تجاری برای ۲۸ گروه کالایی، گمرک اختصاصی تعریف کرده است. اکنون ۵۰‌درصد از کالاهای وارداتی از طریق گمرک‌های اختصاصی ترخیص می‌شود که شامل گروه کالایی دارو، لوازم و تجهیزات پزشکی، خودرو، مواد دخانی، لوازم خانگی، شکر، طلا و جواهر، چینی‌آلات، قطعات یدکی خودرو و ماشین‌آلات صنعتی، ماشین‌آلات راه‌سازی، آهن‌آلات، تجهیزات نظامی، تلفن همراه و پارچه است. همچنین در حوزه صادرات نیز اسانس طبیعی، تجهیزات مخابراتی و الکترونیک، گل و گیاه، چای، پوست چرم، سالامبور، طلا و نقره، فرش دستباف، پسته، زعفران، فرآورده‌های نفتی، مصنوعات سنگی حکاکی شده، بادام و محصولات آن هم دارای گمرک اختصاصی هستند. در مجموع گمرک برای ۱۵ گروه کالایی وارداتی و ۱۳ گروه کالایی صادراتی گمرک‌های اختصاصی در نظر گرفته است. در همین زمینه ۱۷ گمرک به عنوان گمرک اختصاصی ترخیص پارچه‌های وارداتی تعیین شدند. بر اساس این تصمیم گمرک‌های بوشهر، شهید رجایی بندر عباس، شهید باهنر، آبادان، ارومیه، چابهار، سهلان، زاهدان، مشهد، یزد، فرودگاه مهرآباد، شهریار، شیراز، جلفا، اصفهان، کیش و بندر لنگه به عنوان گمرک‌های تخصصی پارچه تعیین شده‌اند.