خیلی از این کارکنان، دلیل رفتن خود را صراحتا نمی‌گفتند، اما آنها دیگر نمی‌توانستند با بزوس کار کنند. او بیشتر از توانایی افراد از آنها کار می‌خواست و در تحسین و تشویق آنها خساست به خرج می‌داد. البته برخی از آنها هنوز وفاداری شدیدی به بزوس داشتند و بعدا خودشان از اینکه چقدر برای آمازون انرژی گذاشته‌اند، تعجب می‌کردند. اما بزوس هیچ‌وقت از این رفتن‌های دسته‌جمعی ناامید نشد. همکارانش می‌گفتند یکی از موهبت‌ها برای او این بود که بتواند کارکنان خود را بدون اینکه شخصا به آنها نزدیک شود، تشویق کند و به آنها انگیزه دهد. او معمولا در تقویم خود زمانی را به جلسات خصوصی با مدیرانی که استعفا داده بودند، اختصاص می‌داد. وارن جنسون یکی از مدیرانی بود که در آن دوران آمازون را ترک کرد. این مدیر ارشد مالی گفته بود که می‌خواهد به خانواده‌اش بیشتر رسیدگی کند. البته او در بهترین زمان آمازون را ترک کرد؛ زمانی که شرکت در نهایت جدی‌ترین چالش‌های مالی خود را پشت سر گذاشته بود. البته این کل داستان نبود.

جنسون و بزوس اختلاف‌های جدی با هم داشتند. جنسون سعی داشت با سودآور کردن شرکت، سرمایه‌گذاران عصبانی را آرام کند. او در یک دوره حیاتی، آخرین دور سرمایه را از اوراق قرضه اروپایی جذب کرد و بزوس را مجبور کرد در زمانی که توانایی پرداخت دیون شرکت کم شده، تصمیم‌های سختی اتخاذ کند. همچنین او از طرفداران افزایش قیمت محصول و مخالف ارسال رایگان کالا به مشتری بود. خودش می‌گوید: «هیچ‌وقت ادعا نمی‌کنم که کامل و بی‌عیب هستم. همیشه سعی کردم کاری را که برای کسب‌وکار درست است انجام دهم.» میراث جنسون در آمازون حتی یک دهه بعد از رفتن او همچنان مورد بحث بود. برخی فکر می‌کردند او به ‌شدت سیاسی بود. برخی دیگر می‌گفتند او شرکت را از مسیر رشد بی‌امان خود دور کرده و اینکه یک تیم مالی ماهر جمع‌آوری کرده بود که می‌توانست نقش‌های قابل توجهی در آمازون و کل دنیای تکنولوژی ایفا کند. دیو استفنسون، یکی از مدیران بخش مالی که برای جنسون کار می‌کرد، در مورد او می‌گوید: «وارن مدیر مالی مناسبی در آن زمان بود. او عامل تصمیم‌گیری‌های سختی بود و جنجال‌های سختی به راه می‌انداخت. همیشه مستقیم‌تر از هر کس دیگری جلوی جف می‌ایستاد و از حرفش دفاع می‌کرد.»

برای جایگزینی او، جف بزوس مدیر مالی دیگری از شرکت جنرال الکتریک به نام تام اشکوتاک را استخدام کرد. اشکوتاک هم در زمان مناسبی مدیر مالی آمازون شد. در سال‌های بعد، او به جای اینکه جاه‌طلبی‌های بزوس را به چالش بکشد، امکان تبدیل آنها به کسب‌وکارهای جدید مختلف را تسهیل کرد. شاید جنجالی‌ترین استعفاها در این مدت، ناشی از جنگ داخلی بین دو واحد ویراستاری آمازون و تیم شخصی‌سازی (تیم تشخیص‌دهنده لزوم تغییر در محصول) بود. بخش ویراستاری که در همان روزهای اول تاسیس شرکت تشکیل شده بود، از نویسندگان و ویراستارانی تشکیل شده بود که ارتباط انسانی را به صفحه اصلی آمازون و صفحه منحصر به هر محصول اضافه کرده بودند. بزوس این گروه را شکل داده بود تا فضای ادبی یک کتابفروشی مستقل را حفظ کند و کتاب‌ها را به‌صورت حرفه‌ای به مشتریانی که ممکن است این کتاب‌ها را جای دیگری پیدا نکنند، توصیه کند. اما بعد از چند سال، گروه شخصی‌سازی شروع به دخالت در حوزه کاری گروه ویراستاری کرد. واحد شخصی‌سازی از تحلیل‌ها و الگوریتم‌هایی استفاده می‌کرد تا پیشنهادهایی متناسب با خواست فردی مشتریان، بر اساس خریدهای قبلی آنها ارائه کند. بعد از گذشت چند سال، عملکرد این واحد بهتر و بهتر شد. در سال ۲۰۰۱، آمازون این پیشنهادها را بر اساس آیتم‌هایی که مشتری جست‌وجو کرده بود ارائه می‌داد، نه صرفا محصولاتی که خریداری شده بود.

پیوند بین رویکردهای این دو واحد کار سخت و حساسی بود. واحد ویراستاری با نگارش هوشمندانه برای توصیف کتاب‌ها و تصمیم‌گیری‌های شهودی در مورد اینکه چه چیزی را تبلیغ کند و ترویج دهد، اولین فروش‌های سایت را بر عهده داشت. واحد شخصی‌سازی هم با استفاده از داده‌های سخت، برای مشتریان فروشگاهی ساخته بود تا بتوانند قفسه‌‌های کتاب خود را با آیتم‌هایی پر کنند که از نظر آماری بیشترین امکان خرید را داشتند. بزوس علنا از هیچ‌یک از این گروه‌ها در برابر دیگری طرفداری نمی‌کرد، اما نتایج تست‌ها را زیر نظر داشت. در نهایت، گروه ویراستاری بازنده این رقابت شد. بیشتر ویراستارها و نویسنده‌ها یا تعدیل شدند یا در قسمت‌های دیگر استخدام شدند. الگوریتمی که Amabot نام داشت، تیر آخر را به این واحد زد. این الگوریتم بخش‌هایی از سایت را که با عوامل انسانی کار می‌کردند، اتوماتیک‌سازی کرد و یک چارچوب استاندارد برای توصیه کتاب‌ها ایجاد کرد. این سیستم در بسیاری از تست‌ها موفق ظاهر شد و نشان داد که می‌تواند به اندازه ویراستاران انسانی، محصول بفروشد.

در ژانویه ۲۰۰۲، آمازون اولین سود فصلی خود را ثبت کرد و درآمد خالص آن به ۵ میلیون دلار رسید. هزینه‌های بازاریابی شرکت کاهش یافته بود، درآمدهای بین‌المللی از انگلستان و آلمان افزایش یافته بود و فروش پلت‌فرمی از طریق فروشنده‌های شخص سوم، ۱۵ درصد کل سفارش‌های شرکت را تشکیل می‌داد. در اولین فصل سال بعد، فروش آمازون برای اولین بار در دوران غیر تعطیلات به یک میلیارد دلار رسید و زمینه را برای ثبت اولین سال سودده این شرکت فراهم کرد.