استقلال در شهرآورد بزرگ پایتخت با یک گل شکست خورد تا این باخت حواشی زیادی به همراه داشته باشد. جنجال‌ها بر سر پنالتی از دست رفته استقلال ادامه دارد و بعضی از هواداران از بازیکنان عصبانی هستند.

اتفاقات رخ داده در دربی باعث انتقادهای زیادی شد چون همه توقع داشتند این تیم برنده باشد تا بتواند بعد از مدت ها دوباره به صدر جدول بازگردد و شانس اول قهرمانی در لیگ برتر باشد.

جواد نکونام بعد از شکست استقلال در دربی ۸۹ در گفت و گو با فارس در خصوص این بازی گفت: «استقلال تیم محبوب من است و اگر نتیجه نگیرد ناراحت می شوم. به نظرم دیگر سکوت جایز نیست چرا که استقلال پرطرفدار است و به خاطر هواداران باید واقعیت ها را گفت. هر مربی وارد باشگاه می شود به خاطر ماندن و داشتن قدرت بیشتر درون تیم و باشگاه با آقایان کنار می آید و تمام مربیان که از استقلال جدا شدند به مسائلی این چنینی اعتراف می کنند. تا زمانی که بعضی ها در استقلال باشند این تیم نتیجه نخواهد گرفت. به اعتقاد من برای آنکه استقلال بتواند دوباره موفق شود باید از حضور این افراد پاکسازی شود. کاملا قابل پیش بینی است که اگر این ها بمانند استقلال در آینده هم ناکام خواهد بود و نتیجه نخواهد گرفت.»

پیش از این پرویز مظلومی و علیرضا منصوریان پس از جدایی از استقلال از حضور یک قدرت مرموز در استقلال گفته بودند و حالا جواد نکونام کاپیتان اسبق تیم ملی از حضور این افراد در استقلال پرده برداشت.