دکتر ولایتی در دهه ۶۰ به توصیه مراکز امنیتی، خانه‌ای را که در رستم‌آباد شمیران (او اهل رستم‌آباد است) داشت، با خانه کنونی معاوضه کرده بود. بنابراین آقای ولایتی هم‌اکنون در خانه‌ای که موقوفه است زندگی می‌کند و حقی که از آن برای خود و همسرش- و نه فرزندان-  قائل شده و در وقفنامه آمده، همین بهره‌گیری در دوران حیات است. بخشی از آن خانه هم‌اکنون نیز به حسینیه تبدیل شده است.

کیهان همچنین نوشت:برخی از نیروهای انقلابی نیز در اعتراض به دکتر ولایتی سهیم بوده‌اند.  آنها به خانه بزرگ دکتر ولایتی اعتراض داشته‌اند و سکونت ایشان در آن خانه را با موازین انقلابی همخوان تلقی نمی‌کرده‌اند که به یقین می‌توان گفت از اینکه ولایتی تمامی شش دانگ خانه مزبور را وقف کرده و دیگر مالک آن نیست، با‌خبر نبوده‌اند.