متن پیام تسلیت حجت‌الاسلام والمسلمین حسن روحانی به این شرح است:

«بسم الله الرحمن الرحیم

انا لله و انا الیه راجعون

رحلت عالم جلیل‌القدر، حضرت آیت‌الله حاج شیخ مرتضی اشرفی شاهرودی، موجب تأثر و تألم خاطر شد.

این روحانی مجاهد که عمر پر برکت خود را وقف تعلیم و ترویج معارف اسلامی، سیره اهل بیت(ع) و تربیت شاگردان فراوان کرد؛ یقیناً خدمات ارزشمند آن مرحوم در خاطر مردم قدرشناس کشور بویژه مردم مؤمن شهرستان شاهرود ماندگار خواهد بود.

اینجانب این ضایعه را به عموم ارادتمندان، شاگردان به ویژه بیت مکرم آن فقیه تسلیت می‌گویم و از درگاه خداوند متعال برای ایشان رحمت واسعه الهی و برای عموم بازماندگان صبر و اجر مسألت دارم.

حسن روحانی

رئیس جمهوری اسلامی ایران»