علی مطهری در یادداشتی که درباره تاریخچه سوال از رئیس جمهور در اختیار ایسنا قرار داد، نوشت:

«سؤال از رئیس جمهور، اولین بار در مجلس هشتم در تاریخ ۱۳۹۰.۱۲.۲۴ انجام شد. تا آن روز سؤال از رئیس‌جمهور که در اصل ۸۸ قانون اساسی ذکر شده است به صورت یک تابو و امر نشدنی تلقی می‌شد و با توجه به حمایتهای مکرر مقام رهبری از دولت آقای احمدی‌نژاد، نمایندگان مجلس این نگرانی را داشتند که با مخالفت ایشان مواجه شود. ولی ما معتقد بودیم که این کار به صلاح کشور است خصوصاً با توجه به روحیه رئیس‌جمهور وقت که صریحاً اعتراف به قانون‌شکنی می‌کرد و می‌گفت من فقط قوانینی را اجرا می‌کنم که از نظر خودم مطابق با قانون اساسی است، بقیه را اجرا نمی‌کنم، یا می‌گفت قانونی را که در نهایت در مجمع تشخیص مصلحت نظام تصویب شده است اساساً قانون نمی‌دانم.

همان طور که حدس می‌زدم سؤال از رئیس جمهور در مجلس هشتم با مقاومت شدید هیئت رئیسه مواجه شد و کسانی از آنها مأمور شده بودند که امضاها را پس بگیرند. ما امضا می‌گرفتیم و آنها امضاها را پس می‌گرفتند تا از حد نصاب یعنی ۷۳ امضا بیفتد. حتی یکی از اعضای هیئت رئیسه می‌گفت مجلس از آقای خاتمی سؤال نکرد، شما چطور می‌خواهید از آقای احمدی‌نژاد سؤال کنید؟!

سرانجام اینجانب به خاطر کارشکنی‌های هیئت رئیسه و تخلف در اجرای آیین‌نامه از نمایندگی مجلس استعفا دادم. استعفای من در جلسه علنی روز  ۹۰.۸.۱۱ مطرح شد. نیم ساعت برای بیان دلایل استعفای خود وقت داشتم. در آنجا گفتم از آنجا که امکان دفاع از حقوق ملت و انجام وظایف نمایندگی در این مجلس وجود ندارد لذا از سمت نمایندگی استعفا می‌دهم. شش نفر در مخالفت با استعفای من صحبت کردند: آقایان پزشکیان، مصباحی مقدم، خباز، لاهوتی و هدایت‌خواه که البته آقای هدایت‌خواه در واقع موافق استعفا بود و گفت من به این دلیل مخالف استعفای آقای مطهری هستم که می‌خواهم ایشان در مجلس بماند و در انتخابات آینده مردم او را حذف کنند، ولی این خواسته ایشان درباره خودشان محقق شد. به هرحال استعفای من با ۱۵۵ رأی مخالف و ۳۱ رأی موافق و ۱۲ رأی ممتنع پذیرفته نشد. اینجا بود که هیئت رئیسه مجلس راهی جز اعلام وصول سؤال نداشت و علی‌رغم تلاش مجدد آن برای از نصاب انداختن امضاها، سؤال از رئیس جمهور با ۷۹ امضا اعلام وصول شد.

این سؤال شامل ۱۰ مورد بود و هرکدام به کمیسیون مربوط ارجاع شد و نمایندگان رئیس جمهور ظرف یک هفته به کمیسیونها آمدند و پاسخ دادند و اینجانب و چند نفر دیگر به عنوان نماینده سؤال‌کنندگان در همه این جلسات شرکت کردیم و نتیجه را به اطلاع امضاکنندگان رساندیم و هیچ‌کس قانع نشد.

سرانجام سؤال در تاریخ ۱۳۹۰.۱۲.۲۴ در صحن علنی مطرح شد و آقای احمدی‌نژاد از موضع بالا و با تمسخر مجلس و پاسخهای عجیب و غریب به سؤالات که اقتصادی، فرهنگی و سیاسی بود پاسخ داد و رفت و البته این یک پیروزی برای مجلس و ملت بود که رئیس جمهور را مجبور به پاسخگویی کردند.

اما ما دیدیم که سؤال بدون رأی‌گیری و دریافت نظر مجلس تأثیر لازم را ندارد. لذا در آیین‌نامه رأی‌گیری درباره قانع شدن یا نشدن نمایندگان از پاسخهای رئیس‌جمهور را اضافه کردیم. لذا امروز سؤال از رئیس جمهور شامل رأی‌گیری است و قاعدتاً رئیس جمهور جرأت نمی‌کند مانند سؤال قبلی مجلس را مورد استهزاء و متلک قرار دهد.

در مجلس نهم در سال ۹۲ که نوسانات شدید ارزی پیش آمد و ارزش پول ملی کاهش شدید پیدا کرد دوباره سؤالی را در این موضوع تنظیم کردم و این بار امضای لازم آسانتر حاصل شد و با مقاومت کمتر هیئت رئیسه مواجه گردید. این سؤال نیز به کمیسیون اقتصادی ارجاع شد و نمایندگان رئیس جمهور در کمیسیون حضور یافتند و پاسخ دادند ولی امضاها پابرجا ماند و بنا بود آقای احمدی‌نژاد دوباره به صحن مجلس بیاید که رهبر انقلاب در نطقی فرمودند سؤال از رئیس جمهور تا اینجا کار خوبی بود و مجلس و دولت به وظیفه خود عمل کردند ولی ادامه آن به صلاح نیست. لذا ما از ادامه کار منصرف شدیم.

در مجلس دهم نیز طرح سؤال از رئیس جمهور روحانی درباره وضعیت مؤسسات مالی و اعتباری که مشکلات زیادی برای مردم ایجاد کردند و هنوز اندکی ادامه دارد توسط اینجانب آغاز شد ولی من این بار پرچمدار نبودم بیشتر به خاطر عضویت در هیئت رئیسه، اما آقای علی وقف‌چی نماینده محترم زنجان و طارم این طرح را دنبال کردند اما تعداد امضاها از حد نصاب افتاد. دوباره امضا جمع کردند و باز همین طور شد. تا این که آقای ذوالنور نماینده محترم قم سؤال اخیر را که شامل پنج مورد می‌شود را به جریان انداختند و این بار نمایندگان ایستادگی کردند و امضاهای خود را پس نگرفتند و اکنون قرار است رئیس جمهور در جلسه فردا ششم شهریور ۹۷ به سؤالات پاسخ بدهند. امیدوارم مایه برکت و منشأ خیر و رفع مشکلات برای کشور باشد.»