سازمان لیگ فوتبال ایران به دنبال آن چه "اتهام و شبهه‌افکنی برنامه ۹۰ نسبت به سازمان لیگ مبنی بر ‌دست کاری در آرای کارشناسان و صاحب نظران فوتبال در مراسم برترین‌های فوتبال ایران در فصل ۹۷-۹۶ و بی‌احترامی به ‌اهالی فوتبال،" دانسته، از دستگاه‌های نظارتی برای بررسی انتخاب برترین‌ها و بازدید آرای کارشناسان که ‌منجر به انتخاب برترین‌های فوتبال ایران شد دعوت به عمل آورد.‌

سازمان لیگ فوتبال با انتشار مطلبی در سایت این سازمان عنوان کرده که "حق خود می‌داند این مساله ‌را از طریق مراجع قضایی پیگیری کند. واقعیت تهیه گزارش بدون مستندات برنامه ۹۰ علیه سازمان لیگ نیز ‌نزد مدیران این سازمان محفوظ است که در زمان مقتضی این مساله را به همراه سایر مستندات به مراجع ذی صلاح ارایه خواهد ‌شد.‌"