خاتمی ۱۸ مهر ۱۳۶۰ ( چند ماه بعد از آغاز جنایات سازمان منافقین) در یادداشتی در کیهان با عنوان «چه کسی آمریکایی است؟» درباره بازرگان نوشت؛ « آقای بازرگان، ضمن تاسف از خون‌هایی که ریخته می‌شود و اثاث و دارایی‌هایی که از بیت‌المال به هدر می‌رود به دفاع از «جوانان جانباز»!! و نونهالانی برخاستند که جگر کودکانشان و امید مملکت هستند به همان نظم و نسق که در بلندگوهای تبلیغاتی امپریالیسم خبری می‌شنویم و بدین ترتیب از کسانی دفاع به عمل» آید که خشن‌ترین شکل آشوب را به فرمان رهبران خائن و فراری خود در متن انقلاب ناب و منحصر به فرد ایران برپا می‌کنند و بهترین فرزندان اسلام را از پای درمی‌آورند و کودکان خردسال را در آتش خشم کور خود می‌سوزانند و انبوهی از جوانان پاکباز و مومن و فداکار را ناجوانمردانه هدف رگبار قرار می‌دهند و هر آن کس را که دلش به عشق اسلام و انقلاب اسلامی می‌تپد، شناسایی می‌کنند تا در موقع مناسب به شهادت برسانند و کوچه و خیابان و بیمارستان و فروشگاه و بنیاد شهید و... شناسایی می‌کنند تا در موقع مناسب به شهادت برسانند و کوچه و خیابان و بیمارستان و فروشگاه و بنیاد شهید و... را با بمب و نارنجک و کوکتل مولوتف به آتش می‌کشند و امروز آقای بازرگان برآشفته می‌شوند که حتی چرا به اینان آمریکایی می‌گویند. حادثه دلخراش انفجار بمب در دفتر مرکزی حزب جمهوری اسلامی که به شهادت ۷۴ تن از نمایندگان ارجمند مردم  منجر شد، مگر نشانگر اوج وحشیگری این از خلق بریدگان نیست؟ و مگر این عمل وحشیانه در حالی صورت نگرفت که دادگاه‌های انقلاب هنوز قاطعیت لازم را در برابر جریان شوم منافقین محارب از خود نشان داده‌اند.

 

آیا در برابر سیل خون و آشوب و ترور، آن هم در زمانی که مظلوم‌ترین انقلاب عالم، مورد بیرحمانه‌ترین تجاوزات نظامی، اقتصادی، سیاسی و تبلیغاتی است باید دست روی دست گذاشت و دست آدمکشان را در جنایت بازگذاشت؟ چرا چنین عاطفه و احساسی نسبت به این انقلاب مظلوم و رهبر مظلوم‌تر از آن و در برابر خون هزاران شهید که جرمی جز دفاع از حقانیت اسلام و تلاش برای نجات مستضعفان را ندارند ابراز نمی‌شود؟

 

آقای بازرگان! بسیاری از کسانی که امروز در همین دادگاه‌های انقلاب ( که مورد اعتراض شمایند) تنها به خاطر دفاع از اسلام و پاسداری از دستاوردهای انقلاب اسلامی، شب و روز زحمت می‌کشند، انسان‌های سرشار از عاطفه و رحمتند اما مسئولیت اسلامی و تعهد انسانیشان و نیز فرمان خدا، آنان را وا می‌دارد که قاطعانه در برابر آدمکشانی که موجودیت انقلاب و جمهوری اسلامی را به خطر انداخته‌اند بایستند و فساد را از ریشه بر‌کنند.

 

... وقتی که دولت موقت در اثر بینش ناسازگارش با محتوای انقلاب اسلامی و با سوءاستفاده از نام و اعتباری که به برکت اسلام و عنوانی که از رهبر انقلاب گرفته بود، راه آشتی دادن انقلاب سازش‌ناپذیر اسلامی با آمریکا را برگزید، وقتی طعنه‌ها و لعن‌ها به جای اینکه متوجه آمریکا شود، نهادهای انقلاب و جوانان پرشور و دلسوزان به حال مستضعفان را هدف قرار داد وقتی که فریاد برآمد که انقلاب به پایان رسیده است و امروز باید با آرامش و متانت!! و منطق و دوراندیشی!  به سازندگی بپردازیم و ملاقات با برژینسکی نشان داد که کدام سازندگی و نظمی مورد نظر است بسیار بودند جوانان پرشور ولی کم‌تجربه و اطلاعی که این مواضع را با مواضع اصلی انقلاب و رهبری عوضی گرفتند و گروهک‌های مفسد انحصار‌طلب ملحد یا التقاطی، با هیاهو چنین وانمود کردند که جمهوری اسلامی و دولت موقت عین یکدیگرند و بدینوسیله توانستند بسیاری از این جوانان ساده‌دل را به سوی خود جلب و با کار مداوم آنان را برای چنین روز تلخی آماده سازند...

تز آقای بازرگان آنجا که انساب آشوبگران به آمریکا برمی‌آشوبند، خود حکایت‌گر نوعی نگرش آمریکایی به مسائل است...

... امروز همان «جوانان پاکباز»! که شما به دفاع از آنان برخاسته‌اید چشم و گوش بسته به فرمان آقای رجوی و همپالگی‌هاشان و به کمک بازمانده‌های رژیم شاه و در هنگامه‌ای که نیروهای رزمنده جمهوری اسلامی درگیر دفن تجاوز رژیم آمریکایی صدام هستند به کشتار و تخریب دست می‌زنند. مراد از آمریکایی بودن نحوه‌ای از دید و بینش است که به سادگی ابزار دست سیاست‌های توسعه‌طلبانه آمریکا می‌شود و به خاطر برخورداری از همین دید و بینش، جریانی که شما در راس آن قرار دارید همواره از مواضع ضد‌آمریکایی جمهوری اسلامی البته با توجیهات گوناگون اظهار نارضایتی و حتی مخالفت قولی و عملی کرده است و چه نقصی در کار شما است که فردی چون امیر انتظام جاسوس و مزدور آمریکا تا سطح معاونت نخست‌وزیر و سخنگوی دولت موقت بالا می‌آید؛ لابد امیر انتظام هم آمریکایی نیست؟»