آنها فرماندهان ارتشی را بخشی از حاکمیت پیشین به رهبری عمرالبشیر می‌دانند. ارتش ضمن اعلام وضعیت فوق‌العاده گفته بود اوضاع را در دست خواهد گرفت اما انقلابیون سودانی با ماندن در خیابان‌ها خواستار تشکیل دولت موقت بدون دخالت نظامیان شده بودند. فرماندهان ارتش مردم را دعوت به آرامش کرده و به آنها پیشنهاد گفت‌وگو داده‌اند، اما معترضان می‌گویند شورای نظامی بخشی از حکومت پیشین است و تا زمان ایجاد دولت انتقالی غیرنظامی به اعتراضات خود ادامه می‌دهند. به گفته پلیس سودان در روزهای پنج‌شنبه و جمعه بیش از ۱۶ نفر از مردم در درگیری با نیروهای امنیتی کشته شده‌اند. مواجهه تازه میان شورای نظامی و معترضان نگرانی از برخورد میان دو طرف را افزایش داده است. سازمان ملل‌متحد خواستار خویشتن‌داری طرفین شده و نسبت به شکل‌گیری جنگ داخلی در سودان ابراز نگرانی کرده است. احمد عوض بن‌عوف که از مقام وزارت دفاع کناره‌گیری کرد در جریان درگیری‌های خونین دارفور فرماندهی نیروهای امنیتی سودان را بر عهده داشت.«جوزف گلدشتاین» و «دکلان والش» در گزارش ۱۲ آوریل برای نیویورک‌تایمز نوشتند: عمر حکومت وزیر دفاع سودان هم که متحد نزدیک البشیر بود تنها یک روز طول کشید زیرا مردم از تکرار تجربه مشابه در کشورهای دیگر مانند مصر و الجزایر می‌ترسند. ترس مردم از این است که یا رهبران سیاسی در پشت فرماندهان نظامی پنهان شوند یا یک دولت نظامی روی کار بیاید. معترضان خواستار روی کار آمدن دولتی غیرنظامی به‌جای البشیر و فرماندهان نظامی حامی او شده‌اند. پروفسور «مویوا شادا»، ستاره‌شناس و کنشگر جامعه مدنی که در کمیته‌ای حضور دارد که به سازماندهی تظاهرات کمک می‌کند، می‌گوید: «این خبر یک پیشرفت است اما آن پیشرفتی نیست که می‌خواهیم.» او می‌گوید: «پیشرفتی که می‌خواهیم زمانی به‌دست خواهد آمد که شاهد روی کار آمدن یک ساختار کاملا غیرنظامی باشیم و صاحب دموکراسی و حقوق‌بشر شویم.»

«گلدشتاین- والش» می‌نویسند: البشیر نه در داخل محبوبیت داشت و نه در خارج. او در داخل منفور بود و در خارج تحت پیگرد. دیوان کیفری بین‌المللی در لاهه او را تحت تعقیب قرار داده و اتهام او هم دست داشتن در نسل‌کشی در دارفور در دهه ۲۰۰۰ بود. روز جمعه رهبران نظامی جدید در سودان اعلام کردند که البشیر به لاهه مسترد نخواهد شد بلکه در داخل مورد محاکمه قرار خواهد گرفت؛ تصمیمی که از سوی مدافعان بین‌المللی حقوق‌بشر هم محکوم شده است. این گزارشگران معتقدند که استعفای عوض بن‌عوف نشان‌دهنده شکاف در میان نیروهای امنیتی است. یکی از دلایل تداوم حکمرانی البشیر هم ایجاد نیروهای نظامی رقیب بود که تنها در یک چیز اشتراک داشتند: وفاداری به البشیر. این وزیر دفاع مستعفی در بیانیه استعفای خود چنین می‌گوید: «من از پست خود استعفا می‌دهم تا فردی متخصص و باکفایت و مدیری که می‌توانم به او اعتماد داشته باشم برگزیده شود. مطمئنم که او کشتی را به سلامت به ساحل امن و سلامت خواهد رساند.»

البشیر آخرین نسل از دیکتاتورهای بازمانده از دوران جنگ سرد و قرن ۲۰ است که در دهه۹۰ به اسامه بن‌لادن و دیگر تروریست‌ها پناه داده بود. گزارشگران نیویورک‌تایمز می‌نویسند نام البشیر با بحران دارفور گره خورده است. او نه تنها مورد انتقاد گروه‌ها و مدافعان حقوق‌بشر در دنیا بود بلکه برخی چهره‌های مهم بازیگری و سلبریتی‌ها هم منتقد او بوده‌اند از جمله جورج کلونی. او از سال ۲۰۰۹ به‌خاطر داشتن ارتباط با کشتار دارفور تحت پیگرد قرار دارد. روز جمعه ۲۳ فروردین ماه ژنرال «عمر زین‌العابدین»، یکی دیگر از فرماندهان ارتش، درخواست برای مسترد کردن البشیر را رد کرد و گفت اگر او را به‌خارج بفرستیم، این اقدام «لکه ننگی بر پیشانی کشورمان خواهد بود.» «ویلیام‌پیس»، یکی از برگزار‌کنندگان ائتلاف برای ICC، سازمانی غیردولتی که همکاری با دیوان را ترویج می‌کند، می‌گوید: «البشیر در معرض دو حکم دستگیری به‌دلیل نقض حقوق‌بشر است که موجب شدیدترین و جدی‌ترین جنایات شده است.» او می‌گوید: سودان با حمایت جامعه بین‌المللی باید تضمین کند که البشیر به‌خاطر جنایت‌های غیرقابل تصور تسلیم دادگاه لاهه خواهد شد.» پزشکان حقوق‌بشری، شبکه‌ای از پزشکان حرفه‌ای مستقر در آمریکا، اعلام کرد که نیروهای امنیتی پیش از پناه بردن مردم به مقر فرماندهی ارتش بیش از ۶۰ نفر را کشتند. این گروه می‌افزاید نیروهای امنیتی مردم را از خانه‌هایشان بیرون می‌کشیدند و شروع به ضرب و شتم آنها می‌کردند. آنها همچنین وارد بیمارستان‌ها می‌شدند و شروع به تیراندازی و شلیک گاز اشک‌آور می‌کردند و اغلب هم پزشکان را هدف قرار می‌دادند.

به نوشته «گلدشتاین- والش»، اکنون سوال اساسی این است: البشیر کجاست؟ روز پنج‌شنبه ۲۲ فروردین ماه عوض بن‌عوف اعلام کرد که او «در جایی امن» نگهداری می‌شود. برخی از مقام‌های ارشد نظامی می‌گویند البشیر داخل اقامتگاه خود در مقر فرماندهی ارتش در حبس خانگی است. «مجدی القیزولی»، تحلیلگر سودانی در موسسه آمریکایی صلح، می‌گوید: برخی متحدان البشیر که طرف قرارداد با دیوان کیفری بین‌المللی نیستند مانند عربستان سعودی می‌توانند به او پیشنهاد تبعید بدهند تا البشیر در آنها به‌صورت «رهبری در تبعید» زندگی کند. برخی دیگر حتی در مورد حبس خانگی او تردید دارند. «موریتی موتیگا»، یکی از مدیران گروه بین‌المللی بحران در نایروبی، کنیا، می‌گوید: «برداشت ما این است که این یک کودتای برنامه‌ریزی شده است.» احتمالا، هدف دور نگه داشتن البشیر در تعرضات و به قول معروف «در آب نمک نگه داشتن او» برای روز مبادا است.

این گزارشگران می‌نویسند: البشیر در این رابطه سابقه‌دار است. وقتی در سال ۱۹۸۹ قدرت را در سودان به‌دست گرفت ابتدا مدعی شد که حسن الترابی را بازداشت کرده است تا خصلت اسلامی این تسخیر قدرت را دگرگون سازد اما الترابی به سرعت آزاد شد و به‌زودی به‌عنوان یکی از قدرتمندترین چهره‌ها در سودان رخ نمود و گاهی به‌عنوان قدرتی در پس البشیر نگریسته می‌شد. آنها در سال ۱۹۹۹ ور افتادند و البشیر او را ۴ سال زندانی کرد و کنترل یک نفری خود بر قدرت را تحکیم بخشید. چنین است که گزارشگران نیویورک‌تایمز معتقدند با وجود این سابقه از البشیر، چنین سابقه‌ای از او دور از ذهن نیست.  رویترز نیز در گزارش ۱۲ آوریل خود نوشت عمرالبشیر که در جوانی در دانشکده افسری قاهره دوره دیده بود در جنگ اعراب و اسرائیل در ۱۹۷۳ نیز شرکت کرد و سی سال پیش، در سال ۱۹۸۹، در یک کودتای مورد حمایت اسلام‌گرایان در سودان به قدرت رسید. او چهار سال بعد منصب ریاست‌جمهوری را نیز در اختیار گرفت. حکومت او، که با ایدئولوژی نزدیک به اخوان‌المسلمین، همراه بوده‌است به عملیات «پاکسازی نژادی» غیر عرب‌ها در دارفور و اجرای احکام اسلامی پرداخت به‌گونه‌ای‌که زنان و دختران در سودان برای پوشیدن شلوار می‌توانند حکم شلاق دریافت کنند. در مناقشه منطقه دارفور در غرب سودان، ۳۰۰ هزار نفر کشته و دو میلیون نفر آواره شدند و گزارش‌های بی‌شماری از تجاوز و قتل و شکنجه، به‌ویژه علیه زنان و کودکان، توسط نیروهای مرتبط با عمرالبشیر مخابره شده است. روز ۴ مارس ۲۰۰۹ (۱۴ اسفند ۱۳۸۷) دادگاه کیفری بین‌المللی مستقر در لاهه، حکم بازداشت عمرالبشیر را در رابطه با مناقشه دارفور و به اتهام جنایت علیه بشریت و نیز ارتکاب جنایات جنگی صادر کرد.

جدایی سودان جنوبی اولین مرحله از بحران در حاکمیت البشیر بود زیرا پس از سال‌ها درگیری نظامی، جدایی سودان جنوبی در سال ۲۰۱۱ موجب شد خارطوم در مضیقه مالی قرار بگیرد زیرا بیشتر ذخایر نفت کشور در سودان جنوبی قرار داشت. تحریم‌های آمریکا هم بر شدت مشکلات افزود. عمرالبشیر برای جبران کمبود مالی، یارانه سوخت را کاهش داد که این امر در سپتامبر ۲۰۱۳ باعث شعله‌ور شدن آتش اعتراضات شد. پس از کاهش یارانه نان در ژانویه سال گذشته میلادی، دور دومی از اعتراضات نیز روی داد که آن هم سرکوب شد. معترضان می‌گویند سودان که زمانی ناحیه غله‌خیز جهان عرب به‌شمار می‌آمد به‌خاطر سال‌ها سوءمدیریت دولتی تبدیل به یک کشور «بی سر و صاحب» و درمانده شده است. البشیر به توصیه وام‌دهندگان بانک‌ها، همچنان به کاستن از یارانه نان و سوخت ادامه داد تا این‌که سه برابر شدن قیمت نان و ایجاد صف‌های طولانی در ماه‌های اخیر آتش اعتراضات جدیدی را از حدود چهار ماه پیش در عطبره، شهری در مرکز سودان، برافروخت و به‌سرعت به شهرهای دیگر و سپس به پایتخت سرایت کرد و طومار دیکتاتور سودان را پیچید.