ترامپ در هفته‌های اخیر از نیلسن خواسته بود گذرگاه‌های مرزی را به منظور جلوگیری از ورود پناهجویان ببندد اما وزیر مستعفی ترامپ این راه را نامناسب و غیرموثر می‌دانست. جلسه ترامپ با نیلسن ۳۳ دقیقه طول کشید و جلسه نیز صمیمانه برگزار شد. ترامپ مصممانه از نیلسن درخواست استعفا کرده و پس از جلسه نیز او به این درخواست گردن نهاده است.این اقدام درست دو روز پس از انتقادهای ترامپ از افزایش ورود مهاجران از مرزهای جنوب‌غربی صورت می‌گیرد. ترامپ سخنان ضدمهاجرتی خود را در ماه‌های اخیر افزایش داده است، چراکه به‌دنبال جلب رضایت هواداران خود تا پیش از انتخابات ریاست‌جمهوری ۲۰۲۰ است. او حتی رکورد تعطیلی دولت را به منظور این خواسته شکست و با استفاده از برقراری حالت اضطراری، به‌دنبال دیوارکشی در مرز با مکزیک است. ترامپ حتی برای تامین وجه این دیوار کمک‌های خود را به کشورهای آمریکای مرکزی قطع کرد و مدام تکرار می‌کند که بحران مهاجرت این کشور را در بر گرفته است.او پس از اینکه به هدف خود رسید و نیلسن از سمت خود استعفا داد در توییتی دیگر مجددا به موضوع مهاجران پرداخت و نوشت: «کشور ما پر شده است.»

نیلسن گفت: او قصد داشت تا چهارشنبه به‌عنوان وزیر باقی بماند تا انتقال کارها با نظم و ترتیب پیش برود. خروج یک‌باره نیلسن از وزارت امنیت داخلی این کشور عجیب است، چراکه این وزارتخانه معاونی ندارد تا کارها را در غیاب وزیر پیش ببرد. این درحالی است که روز یکشنبه ترامپ در حساب کاربری خود از کوین مک‌الینان به‌عنوان سرپرست این وزارتخانه یاد کرد و گفت مسوول امور مرزبانی و گمرکی وزارتخانه تا اطلاع ثانوی کارهای این وزارتخانه را پیش می‌برد. گفته می‌شود که کلیر گریدی، که درحال‌حاضر معاون اجرایی وزارتخانه است، نامش به‌عنوان وزیر مطرح شده بود اما کاخ سفید در نظر دارد تا با اخراج گریدی، جا برای مک‌الینان باز شود تا وی جایگزینش شود و بتواند جای خود را در این وزارتخانه محکم‌تر کند. با این حال گریدی گفته است که قصد ندارد استعفا دهد تا راه مک‌الینان برای ورود به این وزارتخانه هموار شود.

یکی دیگر از کسانی که نامش به‌عنوان جایگزین نیلسن مطرح شده، کن کوچینلی، دادستان کل سابق ویرجینیا است که جزو افراد محبوب محافظه‌کاران به‌حساب می‌آید. سابقه این فرد با خواسته دونالد ترامپ هماهنگی دارد و او از شانس بیشتری برای ورود به وزارتخانه برخوردار است. افراد آشنا به موضوع تایید کرده‌اند که نیلسن این اواخر به‌شدت تحت فشار ترامپ قرار گرفته بود تا از هجوم مهاجران به مرزها جلوگیری به‌عمل آورد. او در تمام مدت کاری‌اش در وزارتخانه تلاش داشت تا سوءظن همیشگی رئیس‌جمهوری را از خود بزداید، با اینکه وی چندین‌بار از سوی دونالد ترامپ مورد ستایش قرار گرفته و گفته بود که از شخصیت وی و عملکردش در رسانه‌ها و تلویزیون خشنود است. اما داستان سوءظن‌ها به وی از زمانی آغاز شد که وی خود را به جان اف‌کلی، رئیس سابق کارکنان کاخ سفید نزدیک کرده بود. همچنین حضور وی به‌عنوان یکی از نیروهای مورد وثوق جورج دبلیو بوش، رئیس‌جمهوری سابق آمریکا به این سوءظن افزوده بود.  ترامپ صبح زود به نیلسن زنگ می‌زد و از او می‌خواست که قدمی برای ممانعت از ورود مهاجران به این کشور بردارد و گفته بود که مجاز است به این منظور دست به اقدامات غیرقانونی بزند، از جمله ایجاد ممانعت برای تمامی پناهجویان که با این هدف به خاک آمریکا وارد می‌شوند. اما نیلسن در پاسخ به این درخواست‌ها گفته بود که دست و بال وی از سوی قوانین فدرالی، دادگاه‌ها و تعهدات بین‌المللی بسته است. این درحالی است که این نوع پاسخگویی ترامپ را بیشتر خشمگین می‌کرد. خشم رئیس‌جمهوری در بهار سال ۲۰۱۸ فوران کرد، زیرا نیلسن در عمل به ‌درخواست ترامپ مبنی بر جدا کردن فرزندان مهاجران از والدین درنگ کرده بود. ترامپ با این دستور به‌دنبال بازداشت مهاجران بوده است.

ترامپ در جلسه کابینه که اکثر اعضای آن حضور داشتند، نیلسن را به شدت مورد عتاب قرار داده و گفته بود که هیچ دلیل دیگری وجود ندارد که وی برای مدت بیشتری در این وزارتخانه بماند و از او خواسته بود استعفا دهد. اما در پایان همان هفته وی در جای خود باقی ماند و با حدت و شدت بیشتری حامی طرح‌های ضدمهاجرتی دونالد ترامپ شد و حتی از جدایی والدین و فرزندان مهاجران حمایت کرد.با این حال ترامپ و استفن میلر، مشاور ارشد امور مهاجرتی رئیس‌جمهوری بارها در جلسات خصوصی از نیلسن انتقاد کردند. در این میان لو دابس، مجری مورد علاقه ترامپ در فاکس‌نیوز به‌شدت در گسترش دیدگاه‌های ضدمهاجرتی رئیس‌جمهوری نقش داشت و این موضوع سبب تحت فشار قرار گرفتن نیلسن می‌شد.نیلسن هم پس از از دست دادن جان کلی، مهمترین حامی‌اش در کاخ سفید، بیش از پیش تنها شد. جان کلی از ترامپ خواسته بود که نیلسن را به‌عنوان وزیر امنیت داخلی قرار دهد. برخی منابع می‌گویند که سوءظن‌های ترامپ در ماه‌های اخیر نسبت به نیلسن افزایش یافته بود. این درحالی است که در این اواخر نیلسن از خط‌مشی‌های دونالد ترامپ با حرارت دفاع می‌کرد.در یکی از این روزها، نیلسن به هندوراس سفر کرد تا یک قرارداد منطقه‌ای با گواتمالا، هندوراس و السالوادور امضا کند و به آنها بگوید که ترامپ کمک‌های مالی به این کشورها را قطع خواهد کرد. با این حال ترامپ انتقادهای علنی خود را در این اواخر افزایش و اختیارات او را کاهش داده بود.