حضرت آیت‌الله خامنه‌ای به جایگاه تاثیرگذار مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در حادثه مهم دستگیری امام(ره) در سال ۴۲ اشاره کردند و افزودند: آن مرحوم در آن زمان با حضور در صحن حرم حضرت معصومه سلام‌الله‌علیها و گرد آمدن مبارزان در کنار ایشان، کار بزرگ و شجاعانه‌ای انجام داد و توانست حرکت مردم را هدایت کند. رهبر انقلاب اسلامی، درگذشت مرموز و بهت‌آور مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی در اول آبان سال ۱۳۵۶ را نیز، زمینه ساز ایجاد موج مردمی بیان کردند و گفتند: نحوه مواجهه امام(ره) با این فقدان سنگین که آن را از الطاف خفیه الهی دانستند، بخشی از شخصیت عظیم امام بزرگوار را در تحمل این مصیبت، و صبر بر آن نشان داد.

حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با اشاره به تهذیب نفس و گرایش سلوکی مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی و ساده‌زیستی و زهد ایشان خاطرنشان کردند: آن مرحوم با اینکه فرزند شخصیت و مرجع بزرگی همچون امام خمینی(ره) بود اما ذره‌ای از نشانه‌های آقازادگی در وی نبود. ایشان افزودند: مرحوم حاج سیدمصطفی خمینی به‌شدت علاقه‌مند و عاشق امام بود و کوچک‌ترین تعرض به شخصیت امام را بر نمی‌تابید. پیش از سخنان رهبر انقلاب اسلامی، حجت‌الاسلام و المسلمین رشاد رئیس شورای سیاست‌گذاری همایش بزرگداشت مرحوم آیت‌الله حاج سیدمصطفی خمینی و حمید انصاری دبیر همایش، گزارشی از برنامه‌های کنگره بزرگداشت مرحوم آیت‌الله حاج سیدمصطفی خمینی و اقدامات انجام‌شده بیان کردند.