با دست به دست شدن تصویر این نامه در شبکه‌های اجتماعی، موجی از واکنش‌ها به راه افتاد و در یکی از این واکنش‌ها مدیر روابط عمومی وزارت آموزش و پرورش در توییتی خطاب به آقای شیخ‌الاسلام نوشت «جناب شیخ‌الاسلام، با سلام و تبریک ولادت پیامبری که مانند مردم عادی زندگی می‌کرد.لطفا اگر نامه منتشره استاد خسروپناه صحت دارد، بفرمایید مانند سایرین از طریق روال قانونی مسیر انتقال را طی کنند تا حق معلمانی که برادر و عمه و خاله‌ای در قدرت ندارند، ضایع نشود. ارادتمند، مرتضی نظری». در همین حال یکی از کاربران با مقایسه دوره‌های قبل فعالیت این موسسه با حال حاضر نوشت «هرچه در شرح این نامه آید تنها بار غم‌ و درد و تاسف را بیشتر می‌کند. چه کسی فکر می‌کرد سربرگ انجمن حکمت و فلسفه ایران روزگاری چنین خوار و خفیف شود؟ فاصله سیدحسین نصر تا عبدالحسین خسروپناه چگونه طی شد؟ جای مرتضی مطهری، سیدجعفر شهیدی‌، محمدتقی جعفری، عبدالکریم سروش‌ها با چه کسانی؟» در مقابل خسروپناه بدون هیچ توضیحی تنها به این جمله بسنده کرد «دوستان می‌گویند چرا در مقابل تخریب معاندان در فضای مجازی از خود دفاع نمی‌کنی گفتم: استاد عرفانم فرمود: ذرهم فی خوضهم یلعبون» در واکنش به این نوع پاسخگویی یکی از کاربران هم نوشت «سلام آقای خسروپناه، تصویر نامه‌ای منتشر شده است که ابهاماتی را در بر داشته، لطفا به‌جای فرافکنی و فرار از پاسخگویی، جوابگو باشید که اگر اساسا بی‌پایه است یا جوانبی داشته است روشنگری کنید. به احتمال زیاد استاد بزرگوار شما درباره شفافیت و اجتناب از مواضع تهمت هم بیاناتی داشته‌اند». برخی از کاربران هم درباره بودجه میلیاردی این موسسه نوشتند.