پس از آنکه عکس‌هایی از ملاقات آیت‌الله شبیری زنجانی، از مراجع تقلید ساکن قم با شماری از شخصیت‌های اصلاح‌طلب، از جمله رئیس‌ دولت اصلاحات در فضای مجازی منتشر شد، آیت‌الله محمد یزدی، عضو شورای نگهبان و دبیر جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در نامه‌ای سرگشاده از ناراحتی و تعجب مقلدین و حوزویان خبر داد و با اشاره به دیدار این مرجع تقلید با افراد به‌زعم ایشان مساله‌دار که برای نظام جمهوری اسلامی و مقام معظم رهبری (دام ظله العالی) احترامی قائل نیستند؛ خواستار آن شد که آیت‌الله ترتیبی اتخاذ فرمایند که «این گونه مسائل دیگر تکرار نشود». آیت‌الله یزدی در این نامه یادآور شد که «مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شأن مرجعیت است، پس لازم است این احترام و شئون مرجعیت را رعایت فرمایید.» انتشار این نامه در کنار واکنش‌های بسیاری از علما و روحانیون در حمایت از آیت‌الله شبیری، بلافاصله موجی از واکنش‌ها در فضای مجازی و رسانه‌ها ایجاد کرد و خیلی زود هشتگ‌های #مرجعیت، # تکرار_نگردد، #شبیری_زنجانی و #محمد_یزدی به راه افتاد. صالحی وزیر فرهنگ و ارشاد بدون نام بردن از آیت‌الله یزدی در توئیتی نوشت: «مرجعیت پشتوانه حفظ هویت شیعی است. مواظب باشیم مراجع پاک زیست را با تابلوی دغدغه مقدس حفظ نظام، موهون نکنیم و میراث تاریخی تشیع را به تاراج نسپریم.» حسام‌الدین آشنا مشاور فرهنگی رئیس‌جمهور هم با اشاره به حواشی ایجاد شده درباره این نامه نوشت: «من دست آیت‌الله یزدی را هم می‌بوسم چرا که به رسم تعرف‌الاشیاء باضداد‌ها نقشی تاریخی در معرفی آیت‌الله شبیری زنجانی به نسل جوان و جویای اعتدال اسلامی ایفا نمودند.» بسیاری از کاربران هم نامه آیت‌الله یزدی را خارج از حوزه ادب و اهانت‌آمیز خواندند. در همین رابطه کاربری نوشت: «نامه آیت‌الله یزدی به آیت‌الله شبیری زنجانی در ادامه سلسله اهانت‌هایی است که به نام دفاع از ولایت فقیه، پیش از این هم به برخی فقها، مراجع و روحانیون شده بود.» برخی دیگر از کاربران اصلاح طلب هم با مقایسه تصاویر دیدارهای تتلو با آیت‌الله رئیسی نامزد اصولگرایان از یکسو و دیدار آیت‌الله شبیری با رئیس‌جمهور اسبق نظام نوشتند که «کدامیک از این دیدارها در نظام اسلامی دون شأن روحانیت و مرجعیت است و باید ترتیبی اتخاذ شود که تکرار نشود؟». یکی دیگر از کاربران هم نوشت: «مرجعیت شیعه اگر در طول تاریخ محترم مانده به خاطر آن بوده که محل رجوع اقشار مختلف مردم بوده است؛ فارغ از دسته‌بندی و جناح‌گرایی سیاسی. اگر مرجعیت به توصیه و تشر امثال آیت‌الله یزدی عمل می‌کرد، از این ویژگی ممتاز و ماندگارش چیزی باقی می‌ماند؟» اما از سوی دیگر برخی کاربران اصولگرای فضای مجازی هم نسبت به این قضایا واکنش نشان دادند و با دفاع از نامه آیت‌الله یزدی، مدعی شدند که منتقدان نامه پیش از این برای مرجعیت شیعه احترامی قائل نبوده‌اند. یکی از کاربران در همین رابطه نوشت: «تفاله جریانی که در دوران قاجار علیه مرجعیت با تیتر (خلق را تقلیدشان بر باد داد) مقاله می‌نوشت، سینه چاک مراجع تقلید شده است!» کاربر دیگری به انتقادات پیشین رسانه‌ها در تخصیص بودجه به حوزه اشاره کرد و نوشت: «طنز تلخ آن است که بدنام‌ترین‌ها در اهانت و تخفیف دین، امروز مدعی و نگران حوزه و مراجع آن هستند. همان‌ها که ماه‌ها تا توانستند با اسم رمز «بودجه حوزه» این نهاد را تخریب کردند. منطق نامه آیت‌الله یزدی دقیق است: حفظ جایگاه مرجعیت در حفظ شأن نظام است». در کنار واکنش‌های مجازی به نامه آیت‌الله یزدی، بسیاری از علما و روحانیون هم به این نامه واکنش نشان دادند. شاید تند‌ترین واکنش از سوی آیت‌الله عندلیب همدانی بود که در واکنش به این نامه از عضویت در جامعه مدرسین حوزه علمیه قم استعفا داد. آیت‌الله هادوی تهرانی از استادان حوزه علمیه نیز با نگارش نامه‌ای تند خواستار عذرخواهی شایسته از مقام مرجعیت شد و حجت الاسلام سید حسن خمینی هم در یادداشتی تاکید کرد که جمهوری اسلامی نه تنها به ذوب شدن روحانیت شیعه در حکومت وابسته نیست، بلکه تنها با استقلال حوزه و مرجعیت از دولت‌ها میسر است. در همین حال مجمع مدرسین و‌ محققین حوزه علمیه قم با صدور بیانیه‌ای از آیت‌الله شبیری زنجانی به دلیل حفظ استقلال مرجعیت سپاسگزاری و ناخرسندی خود را از اقدام موهن نسبت به ساحت مرجعیت اعلام کرد. نامه تند آیت‌الله یزدی البته با واکنش علی مطهری هم روبه‌رو شد. نایب رئیس مجلس در پاسخ به نامه نوشت «اساسا احترام هرکس تابعی از احترام و پایبندی او به حق و عدالت است. این تفکر شما ناشی از این فکر غلط است که نظام را معصوم می‌دانید. »در چنین شرایطی حجت الاسلام باباخانی درباره نظر آیت‌الله شبیری زنجانی درخصوص این نامه گفت: «دفتر یا حضرت آیت‌الله شبیری زنجانی نظری درخصوص این نامه ندارند و طلاب و شاگردان ایشان، پاسخ می‌دهند. هم دفتر و هم حضرت آیت‌الله موضع خاصی نداشته و فعلا سکوت پیش گرفته‌اند.»