گرایش اعیان به مجلس، نه از روی اعتقاد به مشروطه، بلکه ناشی از ترس آنان پس از به قتل رسیدن اتابک بود. به هر حال این گرایش، شاه را در موضع ضعف قرار داد و شاه مجبور شد «تمهیداتی که به واسطه آنها می‌خواست اعتبار مجلس را زائل و عدم لیاقت آنها را در اذهان مردم بگنجاند، ترک کند.» متعاقب آن شاه، در ۱۵ شوال ۱۳۲۵ در مجلس حضور یافت. این نخستین‌بار بود که محمدعلی شاه به‌عنوان پادشاه مشروطه در مجلس حضور می‌یافت و به اعلام همراهی با مجلس و مشروطه قسم یاد می‌کرد، ولی این اعلان همراهی چندان به طول نینجامید؛ چراکه با مرگ امین‌السلطان «پرده‌ای» که در میان بود بر افتاد و مردم منشأ واقعی خرابی‌ها را دانستند.

با قتل اتابک، محمدعلی شاه برای تشکیل کابینه جدید از مشیرالدوله دعوت کرد که او به علت مخالفت باطنی شاه با مشروطیت از قبول آن امتناع کرد. در نهایت شاه، مشیرالسلطنه را به رئیس‌الوزرایی انتخاب و به مجلس معرفی کرد. اما با مخالفت مجلس با او و به اصرار احتشام‌السلطنه، ناصرالملک در ۱۸ رمضان ۱۳۲۵ ریاست‌الوزرایی را پذیرفت. در همین زمان، متمم قانون‌اساسی به امضای شاه رسید و شاه با حضور در مجلس سوگند وفاداری خورد و در ظاهر تفاهمی میان شاه و مجلس پدید آمد، ولی این وفاداری چندان به طول نینجامید؛ شاه به‌دنبال تحصن انجمن‌ها در صحن بهارستان و درخواست‌های سه‌گانه آنها مبنی بر ایجاد قشون ملی، دریافت پول مقرره از شاهزادگان (که مجلس وضع کرده بود) و واگذاری حفظ و حراست از شهر به آنان، با متهم کردن مجلس به دخالت در امور قوه اجراییه خواستار رسیدگی به انجمن‌ها و اقدامات آنها شد. مجلس در پاسخ هرگونه مداخله در امور اجرایی را رد کرد و به موجب قانون‌اساسی، اجتماعات را آزاد دانست و وعده تنظیم نظامنامه انجمن‌ها را داد.

 درخواست انجمن‌ها مورد پذیرش مجلس قرار نگرفت، ولی طرح قشون ملی به بحث گذاشته شد. با این حال نمایندگان به مساله قشون ملی خوش‌بین نبود. رئیس مجلس بحث درباره این موضوع را موکول به جلسات بعدی کرد، تا تامل بیشتری در این‌باره صورت بگیرد، ولی در عمل پس از ارجاع به کمیسیون درباره آن هیچ بحثی در مجلس نشد و قضیه به خودی خود منتفی شد. به اعتقاد احتشام‌السلطنه طرح قشون ملی جنگ شاه با مجلس را تسریع می‌کرد و به این دلیل مورد قبول قرار نگرفت. هم‌زمان با این حوادث، شاه سواران آذربایجانی را به پایتخت فراخواند. این امر باعث اعتراض مجلس شد. در این موقع شاه در تلاش بود که «علاوه بر سواران آذربایجان، چند هنگ شاهسون و بختیاری را به تهران بیاورد تا به کمک آنها بتواند کار انقلاب را یکسره کند.»

با علنی شدن مخالفت شاه با مجلس و نقشه کودتا، انجمن‌های تهران در حمایت از مجلس در بهارستان تجمع و مشروعه خواهان نیز در ۹ ذی‌قعده در میدان توپخانه اجتماع کردند. مقتدر نظام و صنیع حضرت از سران اشرار با همراهی گروهی به مجلس حمله بردند، ولی با مقاومت نیروهای مجلس مجبور به بازگشت به میدان توپخانه شدند. اجتماع‌کنندگان کمی بعد شیخ‌فضل‌الله نوری را با خود به میدان آوردند. بنا به گفته کسروی،‌ این امر به اجتماع عظیمی علیه پارلمان و سلطنت مشروطه مبدل شد. در ادامه به دستور شاه،‌ قوای قزاقی که قرار بود به ساوجبلاغ در سرحدات آذربایجان فرستاده شوند، ‌به بهانه جلوگیری از آشوب، در میدان توپخانه به نگهداری اجتماع‌کنندگان گماشته شدند.

با شدت گرفتن تنش میان طرفین، شایع شد که دولت مجلس را به توپ خواهد بست. همزمان با این وقایع، طباطبائی و بهبهانی از ایالات یاری طلبیدند. تبریز در پاسخ، با دعوت از دیگر انجمن‌ها به مساعدت با مجلس،‌‌ خلع شاه را از سلطنت اعلام کرد و طی تلگرافی به سفارت‌های خارجی نوشت «از کسی اطاعت خواهیم کرد که پارلمان محترم،‌ وی را به مقام سلطنت برگزیند.» در ادامه با استعفای هیات دولت و توقف ناصرالملک در دربار،‌ سفیر روس و انگلیس یادداشتی برای شاه فرستادند که در خیال برهم زدن مجلس نباشد و با مجلس همراهی کند. در این زمان، وزیرخارجه روس به سرادواردگری اطلاع می‌دهد که « شاه مکررا از ما حمایت خواسته و ما بی‌طرفی اختیار کردیم.» مجلس تصمیم به اعزام هیاتی برای مذاکره با دربار گرفت، ولی هیات نمایندگی بدون اخذ نتیجه از دربار بازگشت. بنابراین مجلس در دفاع از خود، سه تصمیم گرفت: آرایش دفاعی در نگهبانی مجلس و مقابله با حمله محتمل قزاقان،‌ فرستادن نامه اعتراض به محمدعلی شاه و صدور بیانیه به سفارت‌های خارجی. سرانجام، شاه با مشاهده حمایت طیف مشروطه‌خواه از مجلس و به‌خصوص انجمن تبریز، از در سازش درآمد و صلح موقتی بین شاه و مجلس تحقق یافت.

 به این ترتیب، کشاکش شاه با مجلس موقتا به پایان رسید و در ۱۶ ذی‌قعده ۱۳۲۵ هیات دولت جدید با قرآنی که شاه در همراهی با مشروطه امضاء و مهر کرده بود به مجلس آمد و از طرف شاه قسم‌نامه‌ای در حمایت از مجلس قرائت کرد. بنا به گفته‌ای در ۸ ذی‌قعده عضدالملک، رئیس ایل قاجار به حضور شاه رفت و او را مسوول اوضاع اسف‌بار مملکت قلمداد کرد و هشدار داد که اگر روش خود را اصلاح نکند، طایفه قاجار او را از سلطنت خلع و ولیعهد را جانشین او خواهد کرد. شاه که از این تهدید ترسیده بود،‌ قول همراهی بیشتر با مشروطه را داد. کودتای ذی‌قعده و شکست شاه،‌ موفقیت دیگری برای مجلس و نظام مشروطه در برابر نظام مطلقه و طرفداران آن بود. شاه هربار به بهانه‌های مختلف، سعی در تضعیف و حذف مجلس داشت، ولی این‌بار نیز با مقاومت مجلس و حمایت نشدن از جانب دولت‌های خارجی،‌ حاضر به سازش مصلحتی شد.

بعد از حادثه میدان توپخانه و صلح شاه و مجلس،‌ روابط میان سلطنت و مجلس ظاهرا بهبود یافت، به‌طوری که شاه وعده حضور مجدد در مجلس را داد، اما دیری نگذشت که با سوء قصد به جان شاه در ۲۵ محرم ۱۳۲۶، کشاکش دیگر میان شاه و مجلس آغاز شد. شاه از این حادثه جان سالم به‌در برد، ولی اعتقاد داشت‌ مجلس و وکلا توطئه کرده‌اند که او را بکشند. با این حال، شاه مدتی‌ خونسردی خود را حفظ کرد و با اظهار همراهی و مساعدت با مجلس، اعلام کرد برای افتتاح عمارت جدید مجلس به آنجا خواهد آمد. شاه ده روز پس از سوء‌قصد، طی دستخطی به مجلس اولتیماتوم داد که اگر تا چند روز آینده مرتکبین دستگیر نشوند خود،‌ شخصا اقدام خواهد کرد. این درحالی بود که مجلس خواستار دستگیری اشرار و عاملان سوء قصد از مجرای قانونی بود و هرگونه اقدامی در این راستا را از وظایف وزرا به‌عنوان قوه مجریه می‌دانست. در هر حال شاه بلافاصله طی دستخطی به حاکم تهران، دستور توقیف متهمان به سوءقصد را داد.

در پی این دستور، متهمان دستگیر و برای استنطاق، روانه دربار شدند. مجلس در اعتراض به این اقدام شاه دستور توقف محاکمه عاملان سوء قصد را داد. بنا به گفته‌ای این حادثه،‌ ضدیت‌شاه را با مجلس به اوج خود رساند و باعث شد که «نهال آزادی را ریشه کن و آزادی خواهان را دچار بدبختی‌های گوناگون و مملکت را به‌خاطر دخالت علنی بیگانگان تهدید کند.» با شدت گرفتن اختلاف میان مجلس و شاه، گروهی از امرا در منزل عضدالملک تحصن کردند و خواستار میانجی‌گری او در این‌باره شدند. عضدالملک در خواست‌های متحصنین را به اطلاع شاه رسانید، ولی شاه از پذیرفتن این درخواست‌ها خودداری کرد و در مقابل، تبعید هشت تن از آزادی‌خواهان را خواستار شد. سرانجام شاه به بهانه استراحت در قصر خارج از شهر در جمادی‌الاول ۱۳۲۶، به باغ شاه عزیمت کرد. در همان روز سیم‌های تلگراف را قطع کردند تا خبر به شهرهای دیگر نرسد.

شاه، چهار روز بعد از استقرار در باغ شاه، طی آگهی جنگی با عنوان «راه نجات و بیداری ملت» بر مخالفان خود با تندترین الفاظ تاخت. به این ترتیب، کودتای دیگری ضد مجلس شکل گرفت. مجلس در پاسخ طی نامه شدیداللحنی شاه را به ایجاد نگرانی مغرضانه با خروج ناگهانی از شهر بر خلاف اراده ملت متهم کرد و اعلام داشت که ملت این عمل شاه را تهدیدی برای امنیت و آزادی خود می‌داند. در همان روز، بهبهانی و طباطبایی،‌ تلگراف‌هایی به شهرها فرستادند و آنها را به یاری طلبیدند. با خروج شاه از تهران و عزیمتش به باغشاه، مجلس نه‌تنها عکس‌العمل موثری نشان نداد، بلکه در موافقت با نامه شاه مبنی بر پراکنده کردن متحصنین مجلس، آنها را پراکنده کرد و حتی تعدادی از وکلا مانع از مسلح شدن قراولان شدند، به‌طوری که حاج‌محمد اسماعیل‌آقا تفنگ‌های مجلس را جمع‌آوری ضبط می‌کرد. سرانجام با صدور دستور جنگ از سوی محمدعلی شاه به لیاخوف روسی،‌ فرمانده قزاق در ۲۳  جمادی‌الاول ۱۳۲۶ کودتا ضد مجلس به وقوع پیوست و به تمام تقابل‌ها میان مجلس و شاه پایان داد. تقابلی که میان مجلس به‌عنوان نماد نظام مشروطه و شاه به‌عنوان مظهر نظام استبدادی وجود داشت.