صنیع‌الدوله پس از استعفا از مجلس در کابینه‌های مختلف حضور پیدا کرد. در کابینه میرزا ابوالقاسم‌خان ناصرالملک که از هجدهم رمضان ۱۳۲۵ (چهارم آبان ۱۲۸۶) تا ۱۴ ذی‌قعده ۱۳۲۵ دوام یافت صنیع‌الدوله وزیر علوم و اوقاف و فواید عامه بود. پس از سقوط کابینه ناصرالملک حسینقلی‌خان نظام‌السلطنه اولین دولت خود را تشکیل داد و صنیع‌الدوله دگربار به وزیری علوم و اوقاف و فواید عامه انتخاب شد. در کابینه دوم و سوم نظام‌السلطنه نیز حضور داشت و در کابینه سوم سمت وزارت مالیه داشت... صنیع‌الدوله در کابینه اول سپهدار که از ۲۸ جمادی‌الثانی ۱۳۲۷ برسر کار آمد وزیر علوم، اوقاف و فواید عامه بود. در کابینه دوم سپهدار که همزمان با افتتاح مجلس دوم تشکیل شد، صنیع‌الدوله باز هم وزیر علوم و اوقاف بود. در کابینه سوم سپهدار در همین سمت باقی ماند و در کابینه چهارم ولیخان نیز به سمت وزیر فواید عامه برگزیده شد.

آخرین کابینه‌ای که صنیع‌الدوله در آن شرکت داشت، کابینه مستوفی‌الممالک بود که در آنجا نیز وزارت علوم و اوقاف را عهده دار بود. صنیع‌الدوله هر زمان از شرکت در کابینه فراغت می‌یافت برای آبادانی کشور و دست زدن به کارهای عام‌المنفعه به طرح نقشه‌های وسیع و مفید می‌پرداخت. به ایجاد شبکه راه‌آهن دلبستگی بسیاری داشت. اگر سرمایه خودش به تنهایی کفاف می‌کرد به این کار اقدام و تهران را به یکی از آبادی‌های غله‌خیز نزدیک پایتخت مربوط می‌کرد اما سرمایه صنیع‌الدوله برای انجام این نقشه سنگین و پرخرج بس نبود و هرچند کوشید یک یا چند تن از سرمایه‌داران را برای ساختن راه‌آهن میان تهران و ورامین با خود همراه کند، موفق نشد. در کار استخراج زغال‌سنگ و استفاده از معادن سیم و سرب پس‌قلعه نیز کامیاب نشد و هرچند خرج بسیار کرد، زیان برد.

صنیع‌الدوله از جوانی بزرگان را به ایجاد راه‌آهن در ایران تشویق می‌کرد و چون می‌دانست که برای انجام چنین کار سنگین و پرخرجی در خزانه پول نیست، رساله‌ای به نام «راه‌نجات» نوشت و در آن پیشنهاد کرد عوارضی بر قند، شکر و چای بسته شود و درآمد آن به ایجاد راه‌آهن اختصاص یابد اما راهنمایی او بی‌اثر ماند. در میان رجال دوران قاجاریه کمتر کسی را مانند صنیع‌الدوله می‌توان یافت. او به مشروطیت و فرهنگ ایران خدمات بسیاری کرد و شب و روز در فکر آبادی مملکت بود. اجنبی‌پرست نبود. به مال دنیا مباهات نمی‌کرد وعمرش را صرف حرف‌های دروغ که اسمش سیاست است نکرد... خرده‌گیران نوشته‌اند که صنیع‌الدوله چون دانشور و با فضیلت بود و بسیاری از رجال همزمان خود را از تربیت و ادب و کمال واقعی بی‌بهره می‌دید، برای وزارت علوم جز خودش کسی را شایسته نمی‌دانست، به همین جهت در کابینه‌هایی که او وزیر مالیه یا فواید عامه بود یا یکی از بستگان نزدیکش وزیر علوم می‌شد یا به احترام شخصیت و نفوذی که داشت، این وزارت بی‌وزیر می‌ماند و وی آن وزارتخانه را سرپرستی می‌کرد. صنیع‌الدوله از دسایس روس و انگلیس و دشمنی‌ها و غرض‌ورزی‌های درباریان متنفذ آگاه بود و هرجا و هر زمان فرصت می‌یافت به تندی انتقاد می‌کرد.

از اوایل ماه ربیع‌الاول ۱۳۲۷ از طرف بسیار کسان به شدت مورد تهدید قرار گرفت... «ایرالوان» نامی که از مهاجران تفلیسی بود به همدستی ایوان ارمنی بعد از ظهر روز شنبه چهارم صفر ۱۳۲۹ مطابق پنجم فوریه ۱۹۱۱ او را بر در سرایش با تیر زدند. دکتر اسکات را که طبیب بانک شاهی بود، بر بالین او حاضر کردند اما معالجات موثر نیفتاد و در شب ششم صفر درگذشت و در آرامگاه هدایت به خاک سپرده شد. مخبرالسلطان که روز محاکمه در وزارت خارجه حاضر بوده است، نقل می‌کرد که در استنطاق معلوم شد که تحریک سپهسالار بوده و هفت تیر را در منزل او سردار محیی به آن ارمنی‌ها داده است...

چون در آن زمان محاکمه مجرمان خارجی در اختیار کارگزاران ایران نبود، دولت تزاری روسیه به بهانه اینکه این دو تبعه روس‌ هستند، آنان را از وزارت امور خارجه تحویل گرفت و به روسیه برد و ظاهرا آزاد کرد. حقیقت این است که صنیع‌الدوله در سال‌های پر آشوبی که وزارت علوم و معارف به او سپرده شده بود، چندان که آرزو داشت موفق به توسعه و گسترش فرهنگ نشد. خالی بودن خزانه او را از تاسیس مدارس جدید باز می‌داشت. با وجود این مشکل بزرگ و دشواری‌ها و موانع دیگر در رمضان ۱۳۲۷ یک باب مدرسه ابتدایی پسرانه و یک باب مدرسه ابتدایی دخترانه در صاحبقرانیه تاسیس کرد و سرپرستی و اداره آنها را به آقا شیخ محمدحسن شیخ‌الاسلام سپرد. نخستین مدرسه‌ای که در حومه تهران تاسیس شده این دو دبستان است که در آنها علاوه بر دروس عادی، نساجی و گیوه‌بافی نیز تعلیم داده می‌شد. تاسیس اداره عتیقه نیز از یادگارهای صنیع‌الدوله است.

منبع: اقبال یغمایی، «مرتضی‌قلی‌خان صنیع‌الدوله هفتمین وزیر علوم و معارف»، آموزش و پرورش، ۱۳۴۸.