در آن ایام نیروهای نظامی دولت عثمانی بخش عظیمی از ایران را اشغال کرده بودند و قصد حمله به تهران و تصرف آن را داشتند. وزرای مختار روس و انگلیس طی یادداشتی به وزارت امورخارجه قصد خروج خود را از تهران اعلام و توصیه کردند شاه نیز باید تهران را ترک کند. انتشار این خبر موجب شد اصناف و تجار مغازه‌های خود را تعطیل و در مساجد تهران اجتماع کرده و به حرکت شاه به خارج از تهران اعتراض کنند. شاه جلسه مشورتی تشکیل داده و نظر استصوابی آنها را جویا شد. هیات مشورتی رای به ابقای شاه در تهران داد. وثوق‌الدوله در مقابل اوضاع آشفته آن روز تاب مقاومت نیاورده، استعفا داد و احمدشاه، علاءالسلطنه را به رئیس‌الوزرایی برگزید و او نیز از زیر بار مسوولیت شانه خالی کرد. مجددا احمدشاه متوسل به وثوق‌الدوله شد و او ناگزیر رئیس‌الوزرایی را پذیرفته و کابینه خود را تشکیل داد و وزرای خود را معرفی کرد. در نخستین روزهای زمامداری وثوق‌الدوله کمیته‌‌ای به نام «کمیته مجازات» موجودیت خود را اعلام و برنامه خود را اعدام انقلابی خائنین کشور اعلام کرد و مرتبا شبنامه‌هایی در مورد ترور افراد انتشار می‌‌داد. قصد این کمیته از بین بردن وثوق‌الدوله و نزدیکان او بود.

این کمیته موفق شد در مدت کوتاهی میرزا اسمعیل‌‌خان مدیر انبار غله دولتی، کریم دوانگر تروریست کمیته، منتخب‌‌الدوله خزانه‌‌دار و کفیل وزارت مالیه، عبدالحمیدخان متین‌السلطنه مدیر روزنامه عصر جدید و میرزا محسن مجتهد معروف و متنفذ تهران و دوست نزدیک وثوق‌الدوله را به قتل برساند.در‌‌‌ همان ایام نیکلای دوم امپراتور روسیه و پادشاه لهستان از تاج و تخت سلطنت استعفا کرد و اوضاع روسیه دستخوش هرج و مرج انقلاب شد. وثوق‌الدوله هیاتی را به ریاست سیدضیاءالدین طباطبایی مدیر روزنامه رعد برای مذاکره و عقد قرارداد به روسیه فرستاد. این هیات اوضاع روسیه را به ایران گزارش داده و دولت ایران بر مبنای آن گزارش‌‌ها رویه خود را نسبت به وضع موجود روسیه اتخاذ کرد. وثوق‌الدوله پس از کناره‌‌گیری از ریاست دولت چندی بی‌کار بود تا در آبان ماه ۱۲۹۶ در کابینه سلطان عبدالمجید میرزا عین‌الدوله وزیر علوم و اوقاف شد، ولی حزب دموکرات آذربایجان به زعامت شیخ محمد خیابانی به عضویت وی و برادرش قوام‌السلطنه در کابینه اعتراض کرده، خواستار اخراج آنها از دولت شدند، دولت عین‌الدوله هم پس از دو ماه از کار کناره گرفت. پس از او به ترتیب مستوفی‌‌الممالک و صمصام‌السلطنه رئیس‌الوزراء شدند تا بار دیگر نوبت به وثوق‌الدوله رسید.