همچنین ایرانیان دوره فتحعلی‌شاه، جونز را به‌خاطر رفت و آمد به دربار زندیه و شهرت دوستی‌اش با لطفعلی‌خان پادشاه شجاع و ناکام زند به‌خوبی می‌شناختند. سرهارفورد جونز جوان در سال ۱۷۸۴ میلادی به‌عنوان یکی از اعضای کمپانی هندشرقی در بصره برای اولین بار به مشرق زمین پای گذاشت، درحالی‌که بیش از ۲۰ سال سن نداشت. آن سال‌ها در ایران مقارن با دوران پس از مرگ کریم‌خان زند و شروع سلطنت جعفرخان و متزلزل‌ترین دوران سلسله زندیه بود. در آن هنگام با وجود گذشت ۷ سال از جنگ بصره و تسلط ایران بر آن شهر، هنوز حضور و ارتباطات ایرانیان در آن شهر چشمگیر بود و جونز با افراد زیادی از بزرگان و تجار و اهالی ایران برخورد و آشنایی پیدا کرد. جونز که متوجه اهمیت مساله ایران بود به یادگیری زبان فارسی پرداخت. از قضا معلم زبان فارسی او محمدنبی‌خان شیرازی بعدها تبدیل به یکی از بزرگان فارس شد. دوره پیوسته ماموریت فرستادگان کمپانی ۱۰ ساله بود و جونز که می‌دانست تا ۱۰ سال بعد در بصره خواهد بود از این فرصت نهایت استفاده را برد و علاوه بر یادگیری زبان فارسی به ارتباط بیشتر با رجال ایرانی پرداخت.

روشن است که فرستادگان کمپانی به‌جز ماموریت تجاری در ابعاد سیاسی نیز ماموریت‌هایی داشته‌اند. نامه‌ها و گزارش‌های سیاسی زیادی در خلال این سال‌ها از جونز خطاب به افراد مافوقش در کمپانی هندشرقی وجود دارد. او که به دقت وقایع ایران و به‌خصوص فارس را دنبال می‌کرد، برای اولین بار در سال ۱۷۸۶ میلادی به همراه کاپیتان ویلیام فرانکلین هموطن خود سفری به شیراز داشت. فرانکلین افسری بود که از هند به ایران آمده بود. جونز خود شرح و نوشته‌ای از این سفر ندارد اما در سفرنامه‌ای که همسفرش نگاشته بارها از او هم نام برده شده است. این دو حدود ۸ ماه در شیراز اقامت داشته‌اند. جونز در شرح خاطراتش در سفر دوم خویش به شیراز در سال ۱۷۹۱ میلادی چند اشاره کوتاه به سفر اول نیز دارد که روشن می‌سازد به‌خاطر بیماری و استفاده از آب و هوای مطلوب شیراز به این شهر آمده بود. فرانکلین از حضور خود به همراه جونز در اردوی جعفرخان زند و دیدار با او و وزیرش میرزاحسین در خارج شهر نوشته و در بخشی دیگر به بازدید از اصطبل سلطنتی و گفت‌وگوی جونز با شاه زند اشاره کرده است. همچنین در تاریخ ۳۰ اوت ۱۷۸۷ این دو به همراه هم به بازدید از تخت‌جمشید رفته بودند.

به نظر می‌رسد در این سفر بین جونز و بزرگان شیراز از جمله میرزاحسین فراهانی وزیر جعفرخان و برادرزاده او میرزابزرگ دوستی و ارتباط نزدیکی شکل گرفته بود و حتی به ادعای خود جونز ارتباط او با جعفرخان هم نزدیک و دوستانه بود به شکلی که بعدها لطفعلی‌خان به جونز گفته بود که پدرم همیشه از شما به خوبی یاد می‌کرد. روی‌هم‌رفته در دربار متمدن زندیه با خارجیان به خوبی رفتار می‌شد و حتی جونز و فرانکلین در این سفر فرمانی از جعفرخان برای حمایت از خود گرفته بودند. با بازگشت جونز به بصره مکاتبه او با میرزاحسین و ایرانیان ادامه داشت و در سال ۱۲۰۳ یا ۱۲۰۴ ه.ق که میرزاحسین از راه بصره به سفر حج می‌رفت در آن شهر میهمان انگلیسیان بود و آنها که به‌خوبی به جایگاه میرزا در دربار زند آگاه بودند در پذیرایی و احترام به او سنگ تمام می‌گذاشتند. همچنین خاطره خوشی که از میرزا در زمان تصرف بصره و حمایت او و صادق‌خان زند از کمپانی وجود داشت هنوز در خاطرها مانده بود. اندکی بعد از این سفر، لطفعلی‌خان زند که در شیراز به‌جای پدر به سلطنت رسیده بود تصمیم به فروش بخشی از جواهرات و خزائن خود برای تامین هزینه‌های مقابله با دشمن سرسخت خود آقامحمدخان قاجار گرفت و این خبر به‌طور محرمانه به تجار معتبر بوشهر که مورد وثوق دربار شیراز بودند اطلاع داده شد. جونز که چون سایر اعضای کمپانی اجازه تجارت شخصی نیز داشت با بسیاری از این تجار در بوشهر آشنایی و مراوده و معامله داشت.

او سال‌ها بعد وقتی در سال ۱۸۳۳ میلادی ترجمه‌ای به نام تاریخ قاجارها از نسخه خطی مآثرالسلطانیه عبدالرزاق دنبلی نگاشت، مقدمه‌ای مفصل هم از سوابق گذشته خویش و تاریخ ایران پیش از قاجاریه بر آن افزود. او در این مقدمه جزئیاتی جالب از روابط خود در این سال‌ها با ایرانیان و فارسیان و دربار زندیه بیان کرده است. به گفته او در سال ۱۷۹۱ میلادی، تجار بوشهر مساله خرید جواهرات را مطرح کرده و بنا شده بود با شراکت یا به اسم جونز وارد این معامله شوند. اندکی بعد جونز در ابتدای بهار همین سال که برابر با ۱۲۰۵ ه.ق بود به دعوت میرزاحسین برای دومین بار به شیراز سفر کرد. او در این سفر بارها به حضور لطفعلی‌خان رفت و مذاکرات مفصلی درباره فروش جواهرات با شاه و وزرا و جواهر فروش مخصوص دربار انجام داد. حاصل این سفر او توصیفات خوبی است که از شیراز در بحرانی‌ترین روزگارش دارد و از قضای اتفاق ۶ ماه حضور او در این شهر با یکی از مشهورترین وقایع تاریخی و سیاسی عصر زند همزمان شد.

فروش جواهرات سلطنتی خزانه زندیه به دلایل مختلفی سرنگرفت و لطفعلی‌خان در میانه تابستان با لشکری انبوه و قشونی پرتعداد با امید بسیار برای تصرف عراق و جنگ با قاجارها به‌سوی اصفهان حرکت کرد. در این اوقات جونز هنوز در شیراز بود و با وجود تاکید لطفعلی‌خان بر باقی ماندنش در شیراز تا پایان جنگ، میرزاحسین که از وقایع پشت‌پرده آگاه بود به جونز اصرار داشت که شیراز را ترک کند. او اطلاعاتی از توطئه پنهانی داشت که در حاشیه دربار‌خان زند شکل گرفته بود. چند روز پس از خروج شاه با همه وزرا و بزرگان، ماجرای توطئه و خیانت حاجی ابراهیم کلانتر در شیراز اتفاق افتاد و جونز به‌عنوان یک شاهد عینی روایاتی بی‌مانند از این مقطع تاریخی عجیب دارد. با این وقایع، جونز، این میهمان ارجمند، به مزاحمی تبدیل شد که حاجی ابراهیم نه می‌توانست آزاری به او برساند و نه خالی از خطر بود که اجازه خروج از شهر را به او بدهد.

لطفعلی‌خان در پی این کودتا و پراکنده شدن لشکرش مجبور به گریز به جنوب و بنادر شد و میرزاحسین و میرزابزرگ و بسیاری از بزرگان به شیراز برگشتند. جونز در این هنگام مفصلا از وقایع سیاسی فارس نوشته است و اطلاعات دقیقی از زبان میرزاحسین بیان کرده است. حدود دو ماه بعد،جونز موفق شد با استفاده از موقعیت و نفوذ میرزا حسین که هنوز کاملا از بین نرفته بود از حاجی ابراهیم که با او غیرمحترمانه و غیردوستانه برخورد می‌کرد اجازه خروج از شیراز را بگیرد. به گفته خود او خبر حضورش در شیراز به آقامحمدخان رسیده بود و چون حاجی شروع به برقراری ارتباط با قاجارها کرده بود ممکن بود حکم بازداشت جونز از طرف شاه قاجار برسد و او حقیقتا از این موضوع نگران شده بود. خود می‌نویسد که بعدها در زمان سفارت، روزی فتحعلی‌شاه به او گفته بود که نامش به درشتی در لیست سیاه عمویش آقامحمدخان حک شده بود!

به هرحال جونز در اواسط پاییز سال ۱۲۰۶ ه.ق با مقداری کالای تجاری و نیز ماموریتی پنهان از سوی میرزاحسین برای ارتباط با لطفعلی‌خان به‌سوی دشتستان و جنوب بوشهر رفت. در این هنگام لطفعلی‌خان از بندر ریگ و بوشهر با پیروزی‌هایی برگشته بود و با همراهانی نه‌چندان پر تعداد برای بازگشت به فارس و به امید تصرف شیراز در دشت خشت اردو زده بود. جونز شرح مفصلی از دیدارش در زیر چادری معمولی با شاه آواره دارد که شاید نمونه کم‌نظیری از یک مونولوگ از زبان یک پادشاه ایرانی باشد. در این بخش از زبان لطفعلی‌خان ماجرای خیانت حاجی و وقایع شورش سپاه در سمیرم و برهم خوردن اردو و بازگشت به شیراز و فرارش به جنوب و درگیری در کازرون و پیروزی‌هایش در بوشهر را شاهد هستیم. این وقایع که در تواریخ رسمی به اشکال مختلف آمده‌اند اینجا به روایت جونز از زبان خود لطفعلی‌خان و بسیار نزدیک به واقعیت نقل شده‌اند.

با این‌حال گاه به‌نظر می‌آید که جونز در اهمیت نقش و ارزش جایگاه خود اغراق کرده است. ادعای او بر اینکه طرف مشورت لطفعلی‌خان در امور نظامی و سیاسی قرار گرفته و شاه آواره پیشنهاد کرده مشهورترین جواهرات خود را به او بسپارد احتمالا خالی از گزاف و اغراق نیست. یا جمله میرزا بزرگ که سال‌ها بعد در زمان سفارت او در دربار فتحعلی‌شاه گفته بود که اگر آن روز در خشت لطفعلی‌خان به اندرز و توصیه او گوش داده بود تخت سلطنت را از دست نمی‌داد، احتمالا نمونه‌ای از همین دست تلاش‌های جونز برای القای نقش پررنگ خود است. پس از دو دیدار طولانی در دو روز متوالی، در دشت خشت راه شاه جوان و پرشور و تاجر فرنگی سیاستمدار برای همیشه از هم جدا شد. درست سه سال بعد از آن لطفعلی‌خان در کرمان شکست خورد و در بم گرفتار و کور و در تهران کشته شد، اما جونز به بوشهر و بصره بازگشت و سه سال بعد در ۱۷۹۴ میلادی که مقارن با سال مرگ ‌خان زند بود از ماموریت ۱۰ ساله به وطن بازگشت و بعدها به سفارت رسید و ۵۶ سال دیگر زندگی کرد.

اما جونز مجددا دو سال بعد به مشرق زمین بازگشت. او در سال ۱۷۹۶ م به ماموریت ۱۰ ساله‌ای به بغداد فرستاده شد و تا ۱۸۰۶م که به‌عنوان سفیر مخصوص پادشاه بریتانیا در دربار فتحعلی‌شاه برگزیده شد، در بغداد اقامت داشت. او با اینکه در سال‌های اقامت و ماموریت در بغداد به ایران سفر نکرد اما با وقایع سیاسی ایران در ارتباط نزدیک بود.با شروع ارتباط ناپلئون با ایران و تصمیم او برای دستیابی به هند از مسیر ایران، فعالیت عوامل سیاسی انگلیس در ایران شدت یافت و سرجان ملکم از جانب حکومت انگلیسی هند به ایران رفت و با افزایش حساسیت موضوع قرار شد سفیری بلندپایه نیز از جانب دربار بریتانیا به ایران برود. برای این ماموریت جونز با توجه به سوابق طولانی‌مدتش در ایران و منطقه بهترین گزینه بود. او در سال ۱۸۰۶ سفری کوتاه به لندن داشت و بلافاصله به ماموریت سفارت در ایران اعزام شد.او در کتاب دیگرش که شرح این ماموریت سفارت در ایران است نیز به بهانه‌های مختلف اشارات زیادی به دوران گذشته و روزگار زندیه دارد و در گذر از بوشهر و کازرون و خشت و شیراز در هر جایی خاطره‌ای از لطفعلی‌خان و دوستان قدیمش یافته و به‌خاطر آورده است. حتی در همین سفر در آذربایجان با اجازه فتحعلیشاه با خسرو پسر لطفعلی‌خان که فرجام تلخی داشته و کور و خواجه شده بود دیدار کرده بود.

با اینکه به نظر می‌رسد جونز در اهمیت نقش خود همواره اغراق کرده است و پاکدستی و شرافت خود و نزدیکی‌اش با بزرگان و مقامات ایرانی را بیش از آنچه در واقع بوده جلوه داده است اما نگاهش از دیدگاه معمول همقطارانش در مورد مشرق‌زمین دور است و به ایرانیان با احترام می‌نگرد و زبانش از کنایه و طعن و تمسخر فاصله دارد. او دوستان زیادی در ایران داشته و معمولا از ایرانیان به خوبی یاد می‌کند و از بزرگان و رجال ایرانی عصر زند از جمله لطفعلی خان، میرزاحسین، میرزابزرگ قائم‌مقام، زال‌خان خشتی با ستایش و تحسین نام برده است. حتی بعدها به فتحعلی‌شاه و عباس میرزا نیز نگاه مثبتی دارد. جونز را نمی‌توان یک جاسوس یا مامور انگلیسی با ماموریت محرمانه نزدیکی به پادشاهان زندیه نامید. هرچند او قطعا دستورالعمل‌های سیاسی در جهت منافع کشورش داشته است اما دوستی و تعلق خاطر و علاقه عمیق او به لطفعلی‌خان که ۴۰ سال بعد در خاطرات و کتاب‌ها و نوشته‌هایش نمود پررنگی دارد، نمی‌تواند دلایلی غیرشخصی داشته باشد. البته این داستانی عجیب و کم نظیر، پیرامون روایت عجیب علاقه یک صاحب منصب نجیب‌زاده کهنسال انگلیسی به پادشاه سلسله‌ای نابود شده در سال‌هایی دور در مشرق‌زمین است.