دولت ایران نسبت به این امر معترض بود و حتی در نوامبر ۱۹۲۷ مساله بحرین را در جامعه‌ملل مطرح کرد، ولی راه‌حلی در این مورد به‌دست نیامد. پس از جنگ‌جهانی دوم لوایحی در ایران به تصویب رسید و به موجب آن دولت ایران موظف شد که نسبت به احقاق حقوق ایران در بحرین اقدام کند. همچنین دولت ایران در سال ۱۹۵۷ بحرین را به‌عنوان استان چهاردهم ایران اعلام کرد و در ۱۹۵۸ نیز از شیخ‌سلمان بن‌احمد الخلیفه، شیخ بحرین خواست که وفاداری خود را به دولت ایران نشان دهد. دولت ایران در مورد حاکمیت خود بر بحرین چنین استدلال می‌کرد؛ ۱- بحرین هرگز کشوری کاملا مستقل نبوده و حاکمیت ایران بر این جزیره چندین قرن ادامه داشته است، به استثنای دوره کوتاه در قرن شانزدهم میلادی که پرتغالی‌ها این جزیره را اشغال کردند. ۲- ایران هرگز حاکمیت خود را بر بحرین به قدرت دیگری واگذار نکرده و حاکم بحرین را به‌عنوان رئیس یک کشور به رسمیت نشناخته است. حتی شاه در مارس ۱۹۶۸ مسافرت خود را به عربستان سعودی به‌خاطر اعتراض به این کشور که از حاکم بحرین به‌عنوان رئیس یک کشور در دیدار از عربستان سعودی استقبال کرده بود، لغو کرد. ۳- ایران حمایت بریتانیا را از بحرین به‌عنوان مداخله در امور داخلی جزایر و در نتیجه در امور داخلی خود تلقی کرده است. اما ۲۰ سال بعد سیاست دولت ایران نسبت به بحرین تغییر کرد و ایران حاضر شد از حاکمیت خود نسبت به بحرین صرف‌نظر کند. عللی که برای این امر ذکر می‌شد، متعدد بود. گفته می‌شد که طی ۱۵۰ سالی که بحرین از ایران جدا شده و تحت تسلط انگلستان بوده، سیاست عربی کردن سکنه ایرانی‌الاصل بحرین با موفقیت دنبال شده و در نتیجه پیوند فرهنگی ایران با بحرین سست شده است.