هنگامی که خبر محاصره تهران و نفوذ تا منطقه مرکزی شهر به محمدعلی شاه رسید، او و درباریان در کاخ سلطنت‌آباد پناه گرفته بودند. روس‌ها که شرایط را بحرانی می‌دانستند از دخالت در امور داخلی ایران دست کشیدند. شاه که همواره متکی به نیروی روس‌ها بود، چاره‌ای نداشت جز اینکه به سفارت روسیه پناهنده شود. پس به همراه ۵۰۰ تن از سران، درباریان و بستگان خود راهی زرگنده شد. بنابراین در۲۵ تیر ۱۲۸۸ه.ش، انقلاب مشروطیت که به ظاهر از دست رفته بود، جان دوباره گرفت. همان شب در مراسمی که در تاریخ مشروطه ایران به نام «مجلس فوق‌العاده عالی» معروف است، محمدعلی شاه از سلطنت خلع شد. طی یک اعلام‌نامه، پسر ۱۲ ساله‌اش احمدمیرزا را جانشین او خواندند و عضدالملک نیابت سلطنت را به‌عنوان بزرگ خاندان قاجار برعهده گرفت.

مذاکرات طولانی بین سفارت‌های روس و انگلیس درباره شرایط خروج محمدعلی میرزا از ایران، استرداد جواهرات ملی، بازپرداخت دیون و رهن املاک شخصی او که احتمال داشت دولت روسیه مصادره‌شان کند، صورت گرفت. در موافقت‌نامه‌ای که به امضای نمایندگان دولت‌های مذکور و مشروطه‌خواهان رسید، برای شاه مخلوع ۸۰ هزار دلار مقرری سالانه تعیین شد. محمدعلی میرزا با خانواده و ملازمانش از سفارت روسیه برای عزیمت به بندر «ادسا» راهی ساحل دریای خزر شد و با کشتی خاک ایران را ترک کرد. با برچیده شدن بساط استبداد، «مجلس عالی فوق‌العاده»،کابینه جدید را انتخاب کرد. سپهدار اعظم به ریاست وزرا و وزارت جنگ رسید و سردار اسعد بختیاری در وزارت کشور منصوب شد و یفرم خان کار حفاظت تهران، شهری که فتح کرده بود را برعهده گرفت. در مهرماه سال ۱۲۸۸ ه.ش انتخابات مجلس در سراسر کشور برگزار شد و مجلس ملی رسما گشایش یافت.