در موقعی که این هیات در امر زراعت تریاک ایران مشغول تحقیق بود به اشکالات دولت ایران در موضوع گمرک متوجه شده،  اعتراف کرد که ایران بدون آزادی گمرکی نمی‌تواند زراعت تریاک را تقلیل داده، محصول دیگری جانشین آن کند زیرا تریاک قسمت مهمی از صادرات ایران است. این هیات در روز دهم خرداد ۱۳۰۵ مراجعت کرد و در گزارش خود برای کمیسیون تریاک جامعه ملل «مشکلات ایران در تدوین تعرفه گمرکی برای شروع به اصلاحات و تقلیل زراعت تریاک را خاطر نشان کرد. در شهریور ۱۳۰۶ کمیته تریاک برای مطالعه گزارش هیات مزبور و ملاحظه جواب دولت ایران در موضوع تقلیل زراعت تریاک تشکیل شد. در این موقع از طرف دولت به کلنل ماک کرماک آمریکایی که از مستخدمین مالیه ایران بود، ماموریت داده شد که در کمیته حضور به هم رسانیده از منافع قانونی ایران دفاع و لزوم استقلال گمرکی ایران را جدا خاطرنشان نماید... کمیسیون پس از مطالعه گزارش هیات اعزامی و یادداشت جوابیه دولت ایران و شنیدن سخنان ماک کرماک نظریات ایران را تصدیق و صریحا توصیه کرد که جلسه عمومی جامعه ملل لزوم موافقت با آزادی گمرکی ایران را به دول عضو جامعه خاطرنشان سازد.

جلسه یا مجمع عمومی جامعه نیز به دول عضو جامعه توصیه کرد که با مقصود دولت ایران در این قسمت کاملا موافقت کنند... دولت ایران هم که به تحصیل رضایت دولت روسیه موفق شد (زیرا به موجب عهدنامه ۸ حوت ۱۲۹۹ فصل ۹ راجع به گمرک اختیار دولت ایران در ترتیب تعرفه و تعیین حقوق گمرکی مجددا سلب شده بود...) تعرفه مستقل خود را تدوین کرده به مجلس شورای ملی تقدیم داشت و قانون آن در تاریخ ۱۳ اردیبهشت ماه ۱۳۰۷ش از تصویب مجلس گذشت و از ۲۰ اردیبهشت ماه در تمام حدود مملکت به موقع اجرا گذارده شد...» در سال ۱۳۱۴ وزارت امور خارجه بخشنامه‌ای به کلیه سفارتخانه‌های مقیم تهران و نمایندگان دولت‌هایی که دولت ایران با آنها قرارداد گمرکی داشت، صادر و ارسال کرد و در آن خاطر نشان کرد که چون تعهدات گمرکی ایران با دول خارجه بر طبق اجازه مجلس شورای ملی مورخ ۱۲/ ۲/ ۱۳۰۷ برای مدت هشت سال بوده است و مدت مزبور در تاریخ ۲۰/ ۲/ ۱۳۱۵ منقضی خواهد شد، خاتمه تعهدات گمرکی را اعلام می‌دارد.

پس از آن در ۱۳۱۵ تعرفه جدید تنظیم و اجرا شد و آن‌گاه در سال ۱۳۲۰ تعرفه‌ای به تصویب رسید که از تمام تعرفه‌های قبلی مفصل‌تر بود. در سال‌های ۱۳۲۹ و ۱۳۳۲ و ۱۳۳۴ نیز تعرفه‌های جدیدی به تصویب رسید که این آخری مشتمل بر ۹۹۱ قلم بود. در سال ۱۳۲۹، تعرفه گمرکی از لحاظ طبقه‌بندی براساس تعرفه بین‌المللی در ۱۳۳۷ به اجرا درآمد که مجموعا در حدود دو هزار قلم جنس را شامل بود. در کابینه دکتر اقبال (فروردین ۱۳۳۵) گمرک و انحصارات از وزارت دارایی مجزی شد و به‌صورت وزارتخانه مستقلی درآمد. این وزارخانه از ادارات کل غله و نان، گمرک دخانیات و قند و شکر تشکیل شد.

منبع: حسین محبوبی‌اردکانی، تاریخ موسسات تمدنی جدید در ایران، انتشارات دانشگاه تهران، ۱۳۷۰.