اعتمادالسلطنه در توصیف موزه چنین می‌نویسد: «موزه به اصطلاح اهالی فرنگ، عبارت از مکان و محلی که مخزن آثار قدیم و اشیاء بدیعه و نفایس و مستظرفات دنیا است و از هر تحفه و یادگاری که در آن مخزون و موضوع است. اهل علم و اطلاع کسب فایدتی و کشف سری می‌کنند و از احوال و اوضاع هر زمان و صنایع و حرف آن و رسوم و آداب معمول آن ایام و عادات و طرایف آن باخبر می‌شوند و می‌توان گفت که موزه مقیاس شعور و میزان عقول و درجه افهام اصناف است. مشکلات لاینحل در اینجا حل می‌شود و بر معلومات تاریخی شهود اقامه می‌نماید»، سپس می‌گوید این است که موزه همایونی نیز خزینه‌ای است مشحون به زواهر و جواهر گرانبها و ظرایف و نفایس اشیاء و آثار جلیله علمیه و مهمات جریمه قدیم و آلات و ادوات متنوعه و مصنوعات ازمنه سالفه و نتایج خیالات حکمای بزرگوار و تماثیل و تصاویر نگارنده‌های بی‌مثل و مانند روزگار، پرده‌های نقاشی کار، نقاش‌های مشهور و حاصل صنایع کارخانه‌های معروف و ظروف چینی بسیار ممتاز کار چین و سور و انگلیس و ژاپن و بلورآلات کارخانه ساکس ونیز و سایر کارخانه‌های معتبر و مسکوکات قدیم با صور سلاطین معظم ایران و... به علاوه تزئینات لایقه بسیار و محصولات رایقه بی‌شمار که هر یک در عالم وهم و درایت و حوزه اطلاع و بصیرت گوهری است بی‌بدیل و در نفاست امتیاز ضرب‌المثل...»

اعتمادالسلطنه درباره کتابخانه نیز می‌نویسد: کتابخانه در جنب موزه مبارکه همایونی است که چندین هزار جلد کتاب خطی و چاپی از کتب معتبر قدیم و جدید در آن هست» چنانکه ملاحظه شد در موزه مذکور اشیاء گوناگون جمع‌آوری شده بود. بنابراین، امروز نمی‌توانیم آن را در طبقه‌بندی رایج موزه‌ها قرار دهیم، تنها می‌توان گفت که اشیاء به‌عنوان هنرهای تزئینی گردآوری و تنظیم شده بودند. به هر تقدیر، موزه کاخ گلستان با غنا و تنوع آثار، کتابخانه و اسناد و مدارک کاخ، یکی از مهم‌ترین موزه‌های کشورمان و یکی از معتبرترین موزه‌های جهان است. طی سالیان بعد بخشی از مجموعه موزه از آن جدا شد. در زمان ناصرالدین شاه به علت سرقتی که در آنجا انجام گرفت، جواهرات سلطنتی که ابتدا در ویترین‌ها بود به مخزن‌هایی در زیرزمین و سپس به موزه جواهرات در بانک مرکزی منتقل شد. در سال ۱۲۹۵ ه. ش وزارت معارف و صنایع مستظرفه، موزه ملی ایران را تاسیس کرد. این موزه گویا در آغاز در یکی از اتاق‌های مدرسه دارالفنون قرار داشته و بانی آن مرتضی قلی‌خان ممتازالملک بوده است.

پس از مدتی این مجموعه از دارالفنون به ساختمان مسعودیه منتقل شد، سپس با تاسیس موزه ایران باستان مجموعه آن شامل ۲۸۰ قلم شیء به موزه تازه تاسیس انتقال یافت. در سال ۱۳۰۲ ه. ش به منظور آموزش اسلحه‌شناسی و تاریخچه سلاح به دانشجویان دانشکده افسری تهران، موزه‌ای در این دانشکده تشکیل شد. هسته مرکزی موزه را مجموعه سلاح‌های ناصرالدین شاه قاجار در موزه همایونی تشکیل می‌داد و پاره‌ای از سلاح‌های اهدایی سران کشورهای مختلف به شاهان قاجار نیز در این موزه در معرض نمایش قرار داشت. پس از شکوفایی انقلاب اسلامی، این موزه به مجموعه سعدآباد منتقل شد و مجموعه آن غنی‌سازی شده، به‌خصوص یادبودهایی از دفاع مقدس در آن منظور شد و نام آن به موزه نظامی تغییر یافت. در سال ۱۳۰۹ ه. ش حسین طاهرزاده بهزاد هنرستان صنایع قدیم را تاسیس کرد. آثار هنرمندان زمان و استادان و دانشجویان هنرستان بخشی از آن موزه بود. این مجموعه درحال‌حاضر در عمارت نگارستان قرار دارد و به نام موزه هنرهای ملی خوانده می‌شود و آثار هنرمندان معاصر در زمینه هنرهای سنتی در معرض نمایش قرار دارد.

پس از تاسیس موزه ملی ایران این موزه نیز زیر پوشش قرار گرفت. (موزه هنر و صنایع سال ۱۳۰۹ ه. ش) سپس موزه مردم‌شناسی تهران در سال ۱۳۱۲ ه.ش تاسیس شد. این موزه نیز زیرمجموعه اداره تحقیقات وزارت اوقاف و صنایع مستظرفه بود که در آغاز دایره انسان‌شناسی نامیده می‌شد، سپس به بنگاه و سرانجام به موزه مردم‌شناسی تغییر نام داد و در خیابان بوعلی در ساختمان مناسبی با مجموعه‌ای از اشیاء که از مساجد و تکایا گردآوری شده بود و با هدایای مردم کار خود را آغاز کرد. این موزه در سال ۱۳۴۷ به کاخ ابیض در محوطه کاخ گلستان انتقال یافت و زیرپوشش اداره کل موزه‌ها قرار گرفت.

گروه معتبر و غنی موزه‌های بقاع متبرکه از سال ۱۳۱۴ ه. ش با گشایش موزه آستان قدس رضوی در مشهد مقدس آغاز به‌کار کرد. کمی پس از آن موزه آستان حضرت معصومه(س) نیز در قم افتتاح شد. فضای فیزیکی هر دو موزه خاص مجموعه آنها طراحی شده است و مجموعه هر موزه بر مبنای موقوفات و نذورات است و مهم‌ترین آنها نسخه‌های دست نویس قرآن مجید است که تاریخ برخی از آنها به سده‌های سوم و چهارم هجری بازمی‌گردد، همچنین کتاب‌های خطی نادر، قالی، آثار هنری ظروف طلا و نقره، شمعدان، سکه و... که به‌عنوان هنرهای تزئینی ارائه شده است. موزه آستان قدس اکنون طی گسترش خود به سه بخش مجزای موزه قرآن، کتابخانه و موزه تقسیم شده است. موزه‌های دیگر زیر پوشش آستان قدس رضوی عبارتند از:کاخ موزه ملک‌آباد در مشهد مقدس و موزه موقوفه حاج حسین آقاملک در تهران و موزه شاهچراغ (آرامگاه احمد بن موسی(ع)) نیز در سال ۱۳۴۴ هجری شمسی برای بازدید عموم افتتاح شد.

تاسیس موزه ایران باستان نقطه عطفی در تاریخ موزه و موزه‌داری در ایران است. این موزه نخستین موزه علمی ایران است که خود مولود قانون جدید تحقیقات مصوب ۱۳۰۹ ه. ش است. مظفرالدین شاه قاجار طی قانونی در سال ۱۹۰۰ م. برابر با ۱۲۷۸ ه. ش. اجازه کاوش‌های علمی باستان‌شناختی را در نقاط باستانی کشور به مدت شصت سال به دولت فرانسه واگذار کرد. ولی این قانون سی سال بعد لغو شد و مجلس شورای ملی وقت در سال ۱۳۰۹ ه. ش قانون جدیدی را تصویب کرد که براساس آن آثار کشف شده طی کاوش‌ها بین دولت ایران و هیات کاوش تقسیم می‌شد. براساس این قانون ده شیء و کلیه آثار زرین و سیمین سهم دولت ایران شد و بقیه آثار طی تشریفات کارشناسی دقیق، به‌طور مساوی تقسیم شد. قطعات معماری از این امر مستثنا بود و در جای خود باقی ماند. آندره گدار، مهندس معمار فرانسوی که از سال ۱۳۰۸ ه. ش در استخدام دولت ایران بود مامور تهیه طرح ساختمانی موزه نوبنیاد شد.

در این طرح، ورودی ساختمان با الهام از ایوان بلند ساسانی در تیسفون ایجاد و کارهای ساختمانی موزه در سال ۱۳۱۲ ه.ش با معماری حاج عباسقلی معمارباشی آغاز شد و در سال ۱۳۱۵ ه.ش به پایان رسید. ساختمان موزه ایران باستان از نخستین بناهایی بود که مختص موزه در ایران ساخته شد. این موزه با مصالح ساختمانی و به شیوه‌های سنتی زمان اجرا شده است و مساحت کل زیربنای موزه ۲۷۴۴ متر مربع است. در سال ۱۳۱۴ ه.ش به تدریج بخش‌هایی از مجموعه آستان شیخ صفی‌الدین در اردبیل به موزه تازه تاسیس یافته انتقال یافت و مکمل آثار کشف شده باستانی دوران اسلامی موزه شد. از مجموعه آرامگاه شاه عباس دوم در قم چند اثر نخبه برای تالارهای اسلامی موزه انتخاب شد که از میان آنها باید روپوش قبر را که از قالی‌های نادر دوران صفوی است نام برد.

در سال ۱۳۲۴ ه. ش نیز مجموعه کوچکی شامل قطعات خوشنویسی و نگارگری از مجموعه کاخ گلستان به موزه‌های دیگر مانند موزه‌های هنرهای ملی و ایران باستان منتقل شد. موزه ایران باستان در طول حیات خود مدت کوتاهی نیز به‌خصوص در دهه‌های آغازین کار، اقدام به خرید آثار نادر برای تکمیل مجموعه خود کرد که از میان این آثار می‌توان به قطعات پارچه‌های ساسانی و سلجوقی و آل‌بویه موجود در موزه اشاره کرد. آخرین بخش مجموعه موقوفات اردبیل که به موزه ایران باستان منتقل شد «چینی‌خانه» است، شامل ظروف و اشیای مختلف ساخت چین که شاه عباس صفوی آنها را سفارش داده و وقف آستانه کرده است و همگی ممهور به مهر وقف است. موزه مردم‌شناسی در تهران که در سال ۱۳۱۵ ش. تاسیس شده هدف آن معرفی زندگی طبقات مختلف ایران از دو قرن پیش تا امروز و آثار هنری و صنایع‌دستی و نوع کار و پیشه‌های آنان است.

در ایران سابقه مجموعه‌های مردم‌شناسی از سال ۱۳۱۴ ه. ش شروع شده است. در آن زمان دایره‌ای به نام انسان‌شناسی در وزارت معارف و اوقاف و صنایع مستظرفه به وجود آمد که بعدها با مشاوره فرهنگستان ایران به موسسه انسان‌شناسی و سرانجام به موزه مردم‌شناسی تغییر نام یافت و محل آن ساختمان در خیابان بوعلی (ارامنه) بود و آثار گردآوری شده به این ساختمان انتقال و به تدریج حالت موزه خود گرفت. در اساسنامه مصوب ۱۳۱۶، برای این موسس دو شعبه نژادشناسی و توده‌شناسی در نظر گرفته شد که هرکدام دارای قسمت‌های جداگانه به نام‌های: موزه و کتابخانه، انجمن مشاوره علمی برای تحقیق و بررسی در اشیاء و آثار، تعلیمات و انتشارات بودند.