دو روز بعد بهادرشاه برای هدایت قیام و تنظیم امور سپاه و کنترل شهر فرمان‌هایی صادر کرد. وی به‌خوبی آگاه بود که نیروهای انگلیسی به‌زودی به سرکوب آنها خواهند آمد؛ از این‌رو برای متحد ساختن امیران، شاهزادگان و راجه‌های مناطق دیگر به پا خاست و اعلام کرد که برای آزادی هندوستان از چنگال انگلیسی‌ها می‌جنگد و پس از آن از دنیای سیاست کناره‌گیری می‌کند. وی همچنین نامه‌هایی به سه گروه زمینداران، سپاهیان و صنعتگران نوشت و با یادآوری پایگاه و اهمیت آنان در دوره فرمانروایی بابریان، خواهان اتحاد و حمایتشان از شورش مردم هند علیه استعمارگران انگلیس شد. اما این درخواست بی‌پاسخ ماند و دوران فرمانروایی او بر دهلی بیش از ۴ ماه دوام نیافت. در پی هجوم نیروهای ارتش بریتانیا به شهر دهلی، بهادرشاه به آرامگاه همایون، دومین پادشاه تیموری هند پناه برد. در تاریخ ۲۰ سپتامبر ژنرال ویلسن دهلی را تصرف کرد و با تعقیب شورشیان، بهادرشاه و خانواده‌اش نیز گرفتار شدند. این شورش قدرت بریتانیا در منطقه را به خطر انداخته بود، اما با سقوط گوالیور در ۲۰ ژوئن ۱۸۵۸ به پایان رسید. پیامد این شورش‌ها «حکومت مستقیم لندن بر هندوستان» و دوره «راج بریتانیا» بود که تا سال ۱۹۴۷ به طول انجامید.