از جمله دستاوردهای او در مهندسی می‌توان به تقسیم آب زاینده‌رود به محلات اصفهان و قریه‌های مجاور اشاره کرد. دیگر آثار علمی که به بهایی نسبت می‌دهند طرح‌ریزی کاریز نجف‌آباد اصفهان است که به نام قنات زرین کمر، یکی از بزرگ‌ترین کاریزهای ایران است و از مظهر قنات تا انتهای آبخور آن ۹ فرسنگ است و به ۱۱ جوی بسیار بزرگ تقسیم می‌شود. یکی دیگر از بناهای شگفت که به بهایی نسبت می‌دهند، ساختمان گلخن گرمابه‌ای است که هنوز در اصفهان مانده و به حمام شیخ بهایی معروف است که در میان مسجد جامع و هارونیه در بازار کهنه واقع شده است و مردم اصفهان از دیر باز همواره عقیده داشته‌اند که گلخن آن گرمابه را بهایی چنان ساخته که با شمعی گرم می‌شده است. همچنین طراحی منارجنبان اصفهان که هم اکنون نیز پا برجاست به او نسبت داده می‌شود.