با این همه دولت موقت به ریاست مهندس بازرگان که پیش‌تر نیز در نحوه اداره کشور با بخش‌های دیگر حکومت اختلاف داشت و به علاوه کوشش‌های دولت به منظور بهبود روابط با آمریکا مورد تایید امام نبود، در وضعیت پیچیده‌تری قرار گرفت. این اقدام دانشجویان و تایید امام موجب شد تا دولت موقت یک روز پس از این اقدام استعفا دهد که مورد تایید امام نیز واقع شد اما این تنها نتیجه این اقدام نبود و تقریبا خط‌مشی بسیاری از نیروهای انقلابی در این جریان آشکار شد. استعفای دولت موقت و مخالفت آنها با این اقدام بحران را خاتمه نداد.روند وقایع به گونه‌ای بود که با انتشار بخشی از اسناد ناظر بر دخالت آمریکا در ایران، خشم افکار عمومی و نیروهای انقلابی بیش از پیش برانگیخته شد و مذاکرات صورت‌گرفته راه به جایی نمی‌برد. در این میان آمریکا با ورود به خاک ایران کوشید طی عملیات طبس کارکنان سفارت را آزاد کند ولی این امر با شکست مواجه شد. به این ترتیب تحریم‌های اقتصادی را به منظور فشار به حکومت در نظر گرفت و نخستین تحریم‌های آمریکا علیه ایران در این زمان وضع شد. فیصله این بحران بر عهده مجلس شورای اسلامی گذاشته شد و چون روابط ایران با آمریکا قطع شده بود، این موضوع از طریق الجزایر به‌عنوان کشور حافظ منافع ایران انجام شد. در نهایت پیمان‌نامه الجزایر به منظور خاتمه این جریان به امضا رسید و سر انجام بعد از ۴۴۴ روز در تاریخ ۳۰ دی ماه ۱۳۵۹ تمامی گروگان‌ها آزاد شدند.