او در تمام این سال‌ها علاوه بر فعالیت‌های سیاسی در زمینه تجارت بلور فعال بود. نیکپور طولانی‌ترین دوران ریاست اتاق تا پیش از انقلاب اسلامی را داشت و در طول دوران دراز تصدی خود در این سمت، روزهای پرتلاطم اشغال ایران توسط قوای متفقین و سال‌های بحرانی ملی شدن صنعت نفت را پشت‌سر گذاشت. در مهر ۱۳۰۹ خورشیدی، مجلس شورای ملی، تاسیس ۳۶ اتاق جدید در شهرهای بزرگ را تصویب کرد، اما سال بعد دولت با وضع قانون انحصار تجارت خارجی، موجب نگرانی و بدگمانی تجار شد. اتاق‌های تجارت را به حالت تعلیق درآورد و اعضای آن را به همکاری در سازمان‌دهی جدید تشویق کرد. پس از پنج سال، دولت شمار اتاق‌ها را به ۱۶ تقلیل داد و نظارت شدیدتری بر فعالیت‌های آنان اعمال کرد. طبق قانون جدید، انتخابات اتاق در دو مرحله برگزار می‌شد.

در مرحله نخست تجار هر شهر تعداد سه برابر اعضای هیات نمایندگان، نامزدهایی ر‌ انتخاب می کردند که از میان آنها ‌دولت یک سوم نامزدها را به کارمندی اتاق برمی‌گزید و به این ترتیب دولت، با کنترل شدید بخش‌خصوصی، فضا را بار دیگر بر تجار تنگ ساخت. با خروج رضا شاه از کشور، تجار و بازاریان که به وضع موجود اعتراض داشتند و از امتیازهای اعطایی دولت به نمایندگان اتاق تجارت محروم مانده بودند، خواستار تعطیل بازار شدند. درخواست اصلی آنان، برگزاری انتخابات آزاد تک‌مرحله‌ای در اتاق بود. رهبران دسته مخالف محمدرضا خرازی کارمند پیشین اداره تجارت و حاج شیخ احمد سیگاری بازاری محبوب بودند. در پاسخ به اعتراضات، قانون جدیدی به نام قانون تشکیل اتاق بازرگانی به تصویب رسید و با مصالحه میان دو گروه، نیکپور به ریاست اتاق و خرازی به‌عنوان نایب رئیس انتخاب شدند. سال‌های ملی شدن صنعت نفت روزهای پرتلاطم اتاق تهران بود. در آن سال‌ها دو قدرت سیاسی مخالف دولت در کشور وجود داشت: بازاریان متوسط و حزب توده.

بازاریان حامی دکتر محمد مصدق بودند. مصدق پس از انتخاب به سمت نخست‌وزیری، به انحصار صادرات و واردات در دست تعدادی محدود از بازرگانان و اعضای هیات رئیسه اتاق با استفاده از رانت دولتی اعتراض کرد و همین امر موقعیت وی را میان بازاریان ارتقا داد. پس ازآن، مصدق در مجلس چهاردهم به واگذاری امتیاز قماش، به گروهی از تجار متنفذ، اعتراض و از وزارت دارایی انتقاد کرد. هیات رئیسه اتاق نیز از عملکرد دولت جانبداری کرد، اما بازاریان متوسط به حمایت از مصدق برخاستند و در سال ۱۳۲۸ زمینه ایجاد جبهه ملی با کمک بازاریان متوسط و روشنفکران و دانشجویان غیرکمونیست فراهم آمد. با پایان مدت قانونی دوره چهارم اتاق در ۱۸ فروردین ۱۳۳۰، دولت مصدق موضوع برگزاری انتخابات دوره بعدی اتاق را رد کرد. یک سال بعد، مصدق با استفاده از اختیارات تام خود، لایحه قانونی افزایش نمایندگان اتاق تهران از ۱۵ نفر به ۳۰ نفر  را تهیه کرد و به این ترتیب نمایندگان اصناف، پیشه‌وران، صنایع و شرکت‌های حمل‌ونقل، بیمه، بانک ملی و وزارت اقتصاد نیز به عضویت هیات نمایندگان اتاق درآمدند. پس از سقوط دولت مصدق، کابینه زاهدی انجمن بازرگانان، اصناف و پیشه‌وران را غیرقانونی شناخت و طبق قانون جدید اتاق مصوب ۷ دی ماه ۱۳۳۳ انتخابات اتاق به‌صورت تک‌مرحله‌ای در اختیار بازرگانان قرار گرفت. انتخابات اتاق بلافاصله برگزار شد و نیکپور بار دیگر به ریاست و خرازی به سمت نایب رئیسی اتاق انتخاب شدند.