مولر درباره زبان سانسکریت، هندوئیسم و مهاجرت آریایی‌ها تحقیق فراوان کرد و ریشه و خویشاوندی زبان‌های آریایی (از جمله آلمانی، پارسی و انگلیسی) را به دست داده است. وی کتاب‌های مذهبی هند باستان را به آلمانی و انگلیسی ترجمه کرده است. مولر عمدتا در آکسفورد انگلستان، نتیجه تحقیقات خود را می‌نوشت؛ زیرا در این کشور دسترسی او به اسناد هند باستان که توسط مقامات استعماری انگلستان (کمپانی هند شرقی) به لندن انتقال یافته بودند، امکان‌پذیر بود. آشنایی او با چند زبان مانند سانسکریت، عربی و فارسی و دسترسی به منابع اصیل شرقی موجب شد تا وی به یکی از دانشمندان اصیل و عمیق دوره خویش تبدیل شود.