مسائل امنیتی، سیاسی، خانوادگی و... مربوط به پرونده بقایی همچنان مفتوح است. نماینده مردم ارومیه در مجلس شورای اسلامی ادامه داد: به استناد ماده ۳۶۶، ۱۲ تا ۱۳ مورد دیگر درباره پرونده آقای بقایی اتهام مطرح است که تنها موارد مربوط به تخلفات مالی به دادگاه ارجاع داده شده که می‌توان به اختلاس ۱۶میلیارد تومانی دانشگاه اشاره کرد که این میزان پول در روز تحلیف ریاست‌جمهوری دوره یازدهم براساس گزارش دیوان محاسبات از بودجه دولتی برداشت شده است. وی افزود: اختلاس بعدی آقای بقایی درباره تحویل ۳ میلیون و ۷۶۶ هزار و ۵۰۰ یورو و همچنین ۵۹۰ هزار دلار از بیت‌المال که این میزان پول در سال ۱۳۹۲ به آنان داده شد تا در اجلاس سران کشورهای اسلامی هزینه شود، اما این میزان هزینه نشده است. وی ادامه داد: در منزل آقای بقایی ۷۰۳سکه تمام بهار آزادی، ۱۸۴۲ نیم سکه، ۱۵ سکه دو و نیم، مبلغ ۲۱میلیارد و ۱۷۵ میلیون و ۳۰۰ هزار ریال وجه نقد،۴۵۴میلیون و ۵۱۰ هزار ریال از پول نهاد ریاست‌جمهوری موجود بود و می‌گفتند می‌خواستیم پس از بهبود ارتباطمان با دولت آقای روحانی پول‌ها را بازگردانیم این در حالی است که این مبلغ جزو بیت‌المال محسوب می‌شد.