اسناد دوره قاجاریه نشان می‌دهد که در آن دوران تشکیلاتی با عنوان‌های اداره خالصجات و دیوان خالصجات وجود داشته است. در دوران سلطنت مظفرالدین شاه وزارت خالصجات و رقبات دارالخلافه به‌وجود آمد و محمدخان اقبال الدوله عهده‌دار امور آن شد. در کابینه‌های اول و دوم پس از استقرار مشروطیت، وزارت خالصجات و زراعت و فلاحت ایجاد شد و مظفرالدین شاه به موجب دستخطی، میرزا نصرالله خان ناصرالسلطنه را به‌عنوان وزیر این وزارتخانه منصوب کرد. در سال ۱۲۸۹، براساس گزارش میرزاحسین خان مشیرالدوله صدراعظم و تصویب ناصرالدین شاه، ۹ وزارتخانه از جمله تجارت و زراعت عهده‌دار انجام امور دولتی کشور تحت‌نظر صدراعظم شدند. در سال ۱۲۹۶ وزارت فلاحت و تجارت و فوائد عامه ایجاد شد که در تشکیلات آن، اداره فلاحت و تجارت وجود داشت. در این دوران به تدریج به کسب درآمد بیشتر از بخش کشاورزی، افزایش تولیدات کشاورزی، آموزش و ترویج روش‌های نوین کشاورزی توجه شد. از جمله تاسیس «مدرسه فلاحت مظفری» در سال ۱۲۷۹ که پس از مدت کوتاهی فعالیت، تعطیل شد.

در سال ۱۲۹۶ «مدرسه برزگران کرج» وابسته به وزارت فلاحت و تجارت و فوائد عامه با تاکید بر آموزش علمی کشاورزی و پذیرش فرزندان کشاورزان با مدیریت هانس شریکر آلمانی تاسیس شد و آغاز به‌کار کرد. در سال ۱۳۰۹ قانون تاسیس وزارت طرق و شوارع و وزارت اقتصاد ملی به جای اداره کل فلاحت و تجارت به تصویب مجلس شورای ملی رسید. در ماده ۲ قانون، بندهایی در رابطه با فعالیت‌های کشاورزی جزو وظایف اقتصاد ملی قرار داده شد. در تشکیلات وزارت اقتصاد ملی که در سال ۱۳۱۰ به تصویب رسید، سه اداره کل فلاحت، صناعت و تجارت وجود داشت. در سال ۱۳۱۲ ادارات کل فلاحت و صناعت در یکدیگر ادغام شدند و اداره کل صناعت و فلاحت تاسیس شد و مجددا در سال ۱۳۱۴ اداره کل مزبور به همان اداره کل فلاحت و صناعت تفکیک شد. در سال ۱۳۱۵ نیز «مدرسه فلاحت» در پارک امین‌الدوله، تاسیس و پس از سه دوره کامل فعالیت، منحل شد.

در سال ۱۳۱۷ فرهنگستان، واژه کشاورزی را به جای فلاحت انتخاب کرد، بنابرین اداره فلاحت به اداره کل کشاورزی تغییر نام یافت. پس از آن «مدرسه عالی فلاحت» در کرج تاسیس شد که در سال ۱۳۱۹ به «دانشکده کشاورزی کرج» تغییر نام یافت. دانشکده کشاورزی تا سال ۱۳۲۴ زیر نظر اداره کل کشاورزی و وزارت کشاورزی قرار داشت و سپس از وزارت کشاورزی جدا شد و با عنوان دانشکده کشاورزی کرج به دانشگاه تهران پیوست. تا شهریور ماه ۱۳۲۰، تشکیلات اداره کل کشاورزی مشتمل بر ۱۴ اداره و دو بنگاه (بنگاه حصارت و بنگاه هواشناسی) با وظایف تخصصی مربوط به امور کشاورزی وجود داشت که با توجه به تعهد و تنوع آنها دولت وقت تصمیم گرفت آن را به وزارتخانه تبدیل کند. از این رو در دولت ذکاءالملک فروغی، در شهریور ماه ۱۳۲۰، علی‌اکبر حکیمی به‌عنوان اولین وزیر کشاورزی به مجلس شورای ملی معرفی شد. رای اعتمادی که مجلس به دولت فروغی داد، مصوبه تبدیل اداره کل کشاورزی به وزارت کشاورزی تلقی شد.

اولین ساختار تشکیلاتی وزارت کشاورزی در سال ۱۳۲۰ شامل حوزه وزارتی، اداره کل کشاورزی، اداره کل دامپزشکی، اداره کل دفع آفات، قسمت اداری و مالی، اداره آمار و هواشناسی و اقتصاد، اداره نگارش و انتشارات و تبلیغات و اداره آموزش بود. تا سال ۱۳۲۵ در چند مورد تغییراتی در ساختار این وزارتخانه صورت گرفت که عبارت بود از: تاسیس سازمان پنبه، ادغام بنگاه خالصات در وزارت کشاورزی، ایجاد اداره کل برنامه‌ها و اداره کل ترویج، تفکیک وظایف بازرسی بهداشتی کشتارگاه‌ها و چغندرکاری از وزارت کشاورزی، جدایی دانشکده‌های کشاورزی و دامپزشکی و چاپخانه از وزارت کشاورزی و الحاق آنها به دانشگاه تهران. در سال ۱۳۳۵، هدف و وظایف وزارت کشاورزی تدوین و شرح وظایف وزیر کشاورزی نوشته شد.

سپس با تصویب قوانینی در سال‌های ۱۳۴۶ و ۱۳۴۷ چهار وزارتخانه کشاورزی، اصلاحات ارضی، منابع طبیعی، تولیدات کشاورزی و مواد مصرفی فعالیت‌های مربوط به بخش کشاورزی را عهده‌دار شدند. در سال ۱۳۵۰ انحلال وزارت منابع طبیعی و تشکیل وزارت کشاورزی و منابع طبیعی به تصویب رسید. در سال ۱۳۵۶ وزارت کشاورزی و منابع طبیعی و وزارت تعاون و امور روستاها با یکدیگر ادغام شده و وزارت کشاورزی و عمران روستایی تشکیل شد. این وزارتخانه پس از انقلاب اسلامی نیز با تغییراتی کماکان به کار خود ادامه داد تا اینکه در سال ۱۳۷۹ با وزارتخانه جهاد سازندگی ادغام شد.

سرگذشت وزارت کشاورزی